基于LAMP技术的检测方法与PCR技术的开发及比较：用于检测土壤和根样中的蜜环菌（Armillaria mellea）

《Plant Pathology Journal》：Development and Comparison of a LAMP Assay With PCR-Based Methods for Detecting Armillaria mellea in Soil and Root Samples

环介导等温扩增法检测尖孢镰刀菌tef1基因灵敏度高且快速，优于传统PCR和实时PCR，可有效监测果园和苗圃的土壤根腐病，助力应对气候变化下的病原扩散。

　　

摘要

Armillaria mellea是一种土壤传播的真菌病原体，可导致多种木本植物发生根腐病。在苗圃和果园中尽早发现该病原体对于有效控制疾病和限制其传播至关重要。本研究建立并验证了一种环介导等温扩增（LAMP）方法，用于灵敏地检测土壤和根样本中的A. mellea。该方法针对翻译延伸因子1-α（tef1）基因进行检测，并与传统的PCR、嵌套PCR和实时PCR方法进行了比较。最佳LAMP反应条件为60°C下反应60分钟，扩增产物通过琼脂糖凝胶电泳分离，并在紫外光下使用GelGreen荧光染料进行可视化观察。LAMP方法的灵敏度可达到0.1 fg μL^?1的基因组DNA，明显优于实时PCR、嵌套PCR和传统PCR方法。从果园中有症状和无症状的树木中采集的田间样本进一步证明了该方法的优异性能：所有受感染样本中均检测到了A. mellea，甚至在某些使用其他诊断方法检测为阴性的无症状土壤中也能检测到该病原体。鉴于其高灵敏度、高特异性、快速出结果以及所需的设备简单，所开发的LAMP方法成为苗圃和自然生态系统中早期检测A. mellea的有前景的诊断工具。其实际应用有助于主动监测病原体，从而控制Armillaria根腐病的发生和传播，尤其是在环境压力增加和气候变化的情况下。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。