从过去到未来：南亚濒危印度盔龟（Pangshura tecta）的母系进化历史、遗传多样性及栖息地动态

《Biodiversity and Conservation》：From past to future: matrilineal evolutionary history, genetic diversity and habitat dynamics of the vulnerable Indian roofed turtle (Pangshura tecta) in South Asia

印度屋顶龟的线粒体基因组测序及生态脆弱性研究揭示其与近缘种存在姐妹物种关系，种群遗传多样性显著降低，未来气候变暖可能导致栖息地缩减超60%，尤其是南亚主要水系流域。

　　

摘要

印度盔龟（Pangshura tecta）是一种受到威胁且研究不足的淡水物种，仅分布于印度次大陆。为了保护这种野生物种，采取遗传学和生态学相结合的综合性科学干预措施至关重要。本研究利用下一代测序技术组装了P. tecta的新线粒体基因组（16,732 bp），结果显示其基因组成和链对称性与其他龟鳖目动物一致。值得注意的是，其控制区域的结构具有独特性，包含保守的基因域、特定的核苷酸缺失以及可变的串联重复序列，这些特征与其他Batagurinae亚科物种不同。基于13个串联蛋白编码基因的贝叶斯推断和最大似然法系统发育分析表明P. tecta与P. tentoria之间存在姐妹关系，从而证实了Batagurinae亚科的单系进化历史。此外，基于COI和Cytb基因的群体遗传学和单倍型分析显示物种内部的遗传分化程度很低（分别为1.12%和0.68%），并且存在共享的单倍型，这表明在P. tecta的原始分布范围内不同河流流域间的遗传多样性显著降低。物种分布模型（SDM）分析显示，目前IUCN定义的适宜栖息地面积为134,791平方公里（占其分布范围的10.83%）。然而，根据未来气候情景的预测，适宜栖息地面积将大幅减少，其中纳尔马达河流域（50.86%–74.77%）和印度河-恒河-布拉马普特拉-马哈纳迪河流域（64.85%–72.47%）的栖息地损失最为严重。这种由气候变化导致的栖息地收缩可能会加剧栖息地破碎化，对物种的生存构成严重威胁。总体而言，通过整合完整的线粒体基因组数据、基于部分基因的群体遗传学研究以及生态位模型，我们能够全面了解P. tecta的进化轨迹、当前的系统地理结构和生态脆弱性。这种综合方法有助于深入理解该物种的生物学特性，并为其在印度次大陆的栖息地保护提供科学依据。