模式甲壳动物Daphnia pulex中基因表达定位的进化分析

《Molecular Ecology》：Evolutionary Analysis of Gene-Expression Localization in the Model Crustacean, Daphnia pulex

基于多组织表达谱分析，发现水蚤Daphnia pulex基因组中存在特异性基因快速进化、正选择形式异常以及非编码RNA高变率现象，揭示多细胞生物中基因功能推断的新挑战。

　　

摘要

全基因组测序提供了与生物体生物学相关的基因列表。然而，在所有后生动物中，有很大一部分推断出的基因功能尚不清楚，在某些情况下，这些基因在相关物种中甚至没有同源物；即使在DNA序列层面存在同源性，也往往不能提供关于基因功能的确凿证据。为了解决多细胞物种中基因功能的问题，第一步是评估各个基因表达的组织类型。在这里，我们报告了对微型甲壳动物Daphnia pulex的八种组织中所有蛋白质编码基因和长非编码RNA（lncRNA）基因的表达情况。我们还利用了一个关于多态性和分歧程度的大型数据库，来推断在不同组织中表达的基因所经历的选择压力特征，包括仅限于特定Daphnia谱系的新生基因。除了为未来关于D. pulex分子生物学、细胞生物学和发育生物学的研究提供资源外，这项研究还发现了一些新的现象。这些发现包括：识别出经历异常正选择的基因集合；发现睾丸特异性基因群中存在不寻常的进化模式；lncRNA基因的快速更替和序列进化；以及那些原本被认为仅存在于D. pulex中的基因也普遍受到选择压力的影响。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。