《JTO Clinical and Research Reports》：The added value of genome-wide copy numbers to objectively resolve clonality of multiple tumors with pulmonary involvement and ambiguous or inconclusive mutational diagnosis
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多癌变患者肺结节克隆性诊断中，基因组拷贝数异常分析可提升突变面板（如TRACERx）对非明确病例的判定准确率，结合log-likelihood比和Pearson相关系数构建的工作流程为临床提供可靠分子分型依据。
Jurriaan Janssen|Bárbara Andrade Barbosa|Tim R. Mocking|Hendrik F. van Essen|Paul P. Eijk|Jacqueline Egthuijsen|Anabela Ferro|Jose-Pedro Parracha de Matos|Swip Draijer|Albrecht Stenzinger|Anke van den Berg|José Carlos Machado|Erik Thunnissen|Yongsoo Kim|Teodora Radonic|Bauke Ylstra
阿姆斯特丹大学医学中心（Amsterdam UMC）癌症中心病理学系，荷兰阿姆斯特丹自由大学（Vrije Universiteit Amsterdam），De Boelelaan 1117，1081 HV，阿姆斯特丹
摘要
引言
同时患有多种癌症（Multiple Cancers, MCs）并伴有肺部受累的患者数量正在增加。尽管下一代测序（NGS）突变检测技术能够区分转移性肿瘤（克隆性）和原发性肿瘤（非克隆性），但它仍无法为所有患者提供可靠的诊断结果，尽管这在治疗上具有重要意义。我们评估了全基因组拷贝数异常（CNAs）在克隆性诊断中的附加价值。
方法
我们组建了两个研究队列：41对克隆性肿瘤对和41对非克隆性肿瘤对，分别来自TRACERx队列；另外还有21对MC肿瘤对，这些肿瘤对来自2016年至2022年间通过常规病理学检测中使用CNA分析确诊的120名患者，其DNA量足以进行全外显子测序（WES）。克隆性的判断依据包括：i) 以WES突变结果作为金标准；ii) 使用改进后的2024年IASLC算法进行常规突变检测；iii) 利用对数似然比和皮尔逊相关系数来分析CNAs。
结果
所有通过突变分析被归类为“克隆性”或“非克隆性”的肿瘤对（TRACERx队列：82对中的35对（43%），MC队列：21对中的6对（29%）的结果与WES和CNAs的结果一致。而那些通过突变分析被归类为“可能非克隆性”或“结论不明确”的肿瘤对（TRACERx队列：82对中的47对（57%），MC队列：21对中的15对（71%）中，大多数可以通过CNAs重新正确分类（TRACERx队列：47对中的46对（98%），MC队列：16对中的15对（94%））。每个队列中都有一对肿瘤的最终分类仍然不明确。此外，我们提出了一种适用于分子诊断的CNA克隆性分析工作流程。
结论
全基因组CNAs分析为那些突变克隆性状态不明确的MC患者提供了补充信息，有助于提升临床决策的准确性。
