miR-507与miR-665作为肾上腺皮质癌ceRNA网络核心调控因子的系统生物学研究

《Human Gene》：miR-507 and miR-665 as central MicroRNA regulators in the ceRNA network of adrenocortical carcinoma: A systems biology approach

本综述通过系统生物学方法，首次构建了肾上腺皮质癌（ACC）特异性竞争性内源RNA（ceRNA）网络，揭示了miR-507和miR-665作为肿瘤特异性核心microRNA（miRNA）的关键作用。研究整合了TCGA、GTEx 2025和miRNATissueAtlas 2025等多组学数据，发现miR-507上调与良好预后相关，而miR-665下调且具放疗敏感性，为ACC的预后评估和靶向治疗提供了新视角。

　　

^{Section snippets}

^{Data acquisition and preprocessing}

转录组图谱，包括基因和microRNA表达数据，从癌症基因组图谱（TCGA）获取肾上腺皮质癌（ACC）肿瘤样本，并从基因型-组织表达（GTEx 2025）项目获取正常肾上腺组织数据。表1提供了数据集、样本类型及相关技术细节的摘要。由于GTEx 2025 miRNA数据集是近期发布且具有改进的测序技术，我们使用miRNATissueAtlas 2025作为补充参考，以确保正常miRNA表达谱的准确性。所有表达数据均经过标准化和批次效应校正。基因和miRNA的注释基于最新版本的GENCODE和miRBase。差异表达分析使用DESeq2（对于mRNA）和limma（对于miRNA）进行，以识别肿瘤与正常组织之间的显著变化（调整后p值 < 0.05，对数倍变化绝对值 > 1）。

^{Construction of the ceRNA network in ACC}

对从ACC正常和肿瘤转录组构建的ceRNA网络进行分析（如图2a所示）显示，正常生理状态与恶性状态之间的调控结构存在重大改变。肿瘤特异性网络呈现出更紧凑且高度互连的拓扑结构，这与ACC中广泛的调控重编程一致。在该网络中，主要枢纽包括hsa-miR-507和hsa-miR-665，它们在正常网络中并非核心节点。肿瘤特异性ceRNA网络是通过整合差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA，以及经过实验验证的miRNA-靶点相互作用（来自miRTarBase和TarBase）构建的。网络中心性分析（包括度中心性和介数中心性）将miR-507和miR-665识别为ACC中的顶级枢纽节点。

^Conclusion

在本研究中，应用整合系统生物学框架重建了ACC特异性ceRNA网络，从而将miR-507和miR-665识别为肿瘤独有的枢纽调控因子。这两种miRNA在正常网络中缺失，但在恶性环境中表现出中心性和表达特异性。表达分析显示，miR-507在肿瘤中显著上调，但随着分期进展而下降，肿瘤内高水平与患者总生存期显著改善强烈相关。相比之下，miR-665在肿瘤中下调，并表现出对放射治疗的敏感性，表明其在ACC中可能具有环境依赖的调控作用。功能分析进一步揭示了miR-507通过靶向细胞周期、有丝分裂检查点和染色体稳定性通路发挥肿瘤抑制作用，而miR-665则影响免疫和信号传导机制。这些发现突出了miR-507作为ACC预后生物标志物的潜力，并暗示miR-665可能参与放疗调节的调控过程。本研究展示了多源转录组整合在发现罕见内分泌癌症功能性miRNA枢纽方面的力量。