克雷伯菌肺炎亚种（Klebsiella quasipneumoniae）：通过全基因组测序分析在印度食用鱼类中发现的新序列类型1699

《Molecular Genetics and Genomics》：Klebsiella quasipneumoniae: a novel sequence type 1699 by whole genome sequence analysis from food fish in India

Klebsiella quasipneumoniae（ST1699）在印度阿萨姆零售鱼中发现，通过WGS和Mash Screen确认其分类地位，鉴定出7类抗生素耐药基因（ARGs），揭示传统鉴定方法的局限性及多重耐药风险。

　　

摘要

Klebsiella quasipneumoniae是克雷伯菌属中的一个新兴成员，近年来因其作为能够引起严重人类感染的临床重要病原体而受到关注。尽管它具有致病潜力，但由于其与Klebsiella pneumoniae在遗传和表型上的高度相似性，经常被误认为是后者，这导致了诊断上的挑战，并可能对治疗和流行病学监测产生潜在影响。本研究通过应用高分辨率基因组工具来区分K. quasipneumoniae和其更为明确的表型特征K. pneumoniae，评估了它们的抗菌素耐药性（AMR）特征，并分析了传统鉴定方法的局限性，从而填补了我们对K. quasipneumoniae理解上的关键空白。我们分析了从印度阿萨姆邦零售市场购买的一种可食用鱼类中分离出的革兰氏阴性K. quasipneumoniae（Klebsiella ST1699）细菌的全基因组。使用Illumina测序技术进行全基因组测序（WGS），并通过Mash Screen进行物种鉴定，确认了该菌为K. quasipneumoniae。我们组装了Klebsiella ST1699的5.21 Mb完整基因组，发现其携带多种抗菌素耐药基因（ARGs），包括blaLAP-2、blaOKP-B-1、fosA、tet(A)、Sul2、dfrA14、OqxA和OqxB，并将其鉴定为印度阿萨姆邦零售市场中可食用鱼类中的新型序列类型1699K. quasipneumoniae（ST 1699）。我们还将其基因组与NCBI数据库中的其他6株K. quasipneumoniae菌株进行了比较分析。K. quasipneumoniae是一种具有临床相关性但尚未得到充分认识的病原体，且具有显著的抗菌素耐药性。改进的分子诊断方法对于准确鉴定和有效控制感染至关重要。误鉴定可能导致报告不足和不适当的治疗策略，因此需要提高公众意识和加强监测。我们的发现对诊断准确性、耐药性监测以及针对性治疗策略的制定具有重要意义。