韩国猪场非洲猪瘟病毒基因II型IGR-III区和MGF 505 9R/10R-V变异的检测及其进化意义

《Archives of Virology》：Detection of the intergenic region III and multigene family 505 9R and 10R-V variant of African swine fever virus genotype II on pig farms in South Korea

本研究针对韩国猪场中非洲猪瘟病毒（ASFV）的遗传变异问题，通过对2023-2024年采集的样本进行多基因标记分析，首次发现IGR-III和MGF 505 9R/10R-V新变体，证实病毒通过野生野猪传播至养殖场，为ASFV的分子流行病学和进化机制提供了重要依据。

　　

非洲猪瘟（African Swine Fever, ASF）是由非洲猪瘟病毒（African Swine Fever Virus, ASFV）引起的一种高度传染性、致死性的猪类疾病，自2019年首次传入韩国以来，不仅对养猪业造成巨大经济损失，而且病毒在野生野猪种群中形成地方性流行，持续威胁着养殖场的生物安全。病毒主要通过直接接触、污染物以及野生动物传播，尤其在韩国，野生野猪的移动成为病毒扩散的关键因素。截至2024年7月，韩国已有44个养猪设施和4143头野生野猪确诊感染ASFV，表明病毒在野外环境中已扎根，并可能通过生物安全漏洞零星传播至养殖场。ASFV的基因组庞大且突变率低，其遗传多样性主要源于点突变和重组事件，这使得追踪病毒传播路径和进化动态成为防控工作的核心挑战。

为了解决ASFV在韩国流行中的遗传变异问题，研究人员开展了针对性的分子流行病学研究。该研究聚焦于2023年7月至2024年7月期间从韩国八个猪场采集的ASFV样本，旨在通过多基因标记分析，揭示病毒的遗传特征和潜在变异。研究的关键在于利用多种基因区域进行高分辨率分型，以填补当前对ASFV进化认知的空白。论文发表于《Archives of Virology》，强调了加强病毒遗传监测的紧迫性。

研究采用的主要技术方法包括：基于世界动物卫生组织（WOAH）标准的TaqMan实时PCR进行病毒检测；针对10个基因标记（如B646L/p72、E183L/p54、EP402R/CD2v、中央可变区CVR、I73R-I329L基因间区IGR、MGF_505 9R/10R等）的PCR扩增和测序；使用邻接法和Kimura 2-参数模型构建系统发育树进行基因分型；样本来源于韩国北部和东部中部地区的猪场临床样本，通过省级兽医服务部门收集。

疫情概况与实验室确认

疫情涉及韩国北部和东部中部的八个商业猪场，这些设施在2023年至2024年间发生零星疫情，无场间传播证据。感染猪只表现为急性ASF症状，如皮肤发红、出血性淋巴结和脾肿大，实时PCR的Ct值介于16.56至24.03，表明病毒载量较高。疫情时空分布孤立，突显病毒可能通过野生野猪传播。

核苷酸序列与系统发育分析

所有八株韩国ASFV分离株在p72、p54基因上均属基因II型，CD2v血清8群，CVR为1型（含10个氨基酸的四肽重复），与Georgia 2007/1等参考株完全一致。其他标记基因（如O174L、K145R）无单核苷酸多态性，表明这些区域高度保守。然而，IGR和MGF_505 9R/10R分析显示高分辨率差异：七株为IGR-II型（含三个10核苷酸串联重复序列），一株（Korea/Pig/Andong/2024）为IGR-III型（四个重复）；东部中部地区的四株病毒呈现MGF-V变体（含额外H重复插入），而北部地区病毒为MGF-I型。具体地，三株为IGR-II-MGF-V，一株为IGR-III-MGF-V。

讨论

本研究发现IGR-III和MGF-V变体在韩国东部中部猪场首次出现，可能源于当地野生野猪种群的病毒进化。IGR变体（如IGR-III）在亚洲和欧洲已有报道，但MGF-V变体此前仅于2017年在立陶宛野生野猪中发现，本次在韩国暴发中重现，提示病毒通过独立进化或新引入传播。病毒基因组中的串联重复序列（如minisatellites）变异可能通过复制滑移机制发生，虽不改变氨基酸序列，但可能影响邻近基因（如I73R、I329L）的转录和免疫调节功能。然而，这些变异与病毒毒力的关联需进一步实验验证。

研究结论强调，多基因标记分析（如IGR和MGF_505 9R/10R）能有效区分密切相关的ASFV分离株，为分子流行病学提供实用工具。韩国ASFV的遗传变异凸显了加强遗传监测的必要性，以应对病毒在野生种群中持续进化带来的挑战。未来需整合家猪和野生野猪病毒的基因组数据，以更全面揭示ASFV的传播动力学和进化路径。