鉴定控制洋葱鳞茎重量的一个常见主要数量性状位点，并开发用于鳞茎重量选择的分子标记

《Molecular Breeding》：Identification of a common major quantitative trait locus controlling onion bulb weight and development of molecular markers for bulb weight selection

本研究通过基因组关联分析和复合区间作图，首次鉴定出洋葱鳞茎重量稳定遗传的QTL（chr8），并设计三个SNP标记用于haplotype定义，验证了其在不同遗传背景下的稳定性，为分子辅助育种提供新工具。

　　

摘要

鳞茎重量在洋葱育种中至关重要，但由于其遗传力较低且受环境因素影响较大，因此难以改善，这限制了基于表型的选择方法。以往的研究已经确定了与鳞茎形状相关的数量性状位点（QTL）；然而，尚未发现与鳞茎重量相关的显著QTL。本研究旨在通过遗传分析开发用于鳞茎重量选择的DNA标记。在一个育种系中，我们在四种不同环境下对其进行了评估（共576株植物），每株植物都使用了157个标记进行基因分型。通过全基因组关联分析，在8号染色体上发现了与鳞茎重量显著相关的标记。随后，我们评估了一个具有与育种系不同遗传背景的F2群体（245株植物），并利用348个全基因组标记基因型通过复合区间作图法检测到了与鳞茎重量相关的QTL。该主要QTL的位置与在育种系中检测到的相关标记的位置相同，这表明该QTL具有普遍性和稳定性，不受遗传背景的影响。我们在QTL峰值附近设计了三个插入/缺失（indel）标记，并利用这些标记的组合来定义单倍型。我们对每个遗传资源系和商业F1品种各选取了8株植物进行基因分型，并总结了每个系/品种中的单倍型比例。几乎所有遗传资源系都包含至少两种单倍型，而在一些F1品种中单倍型对的状态是不确定的。单倍型的选择和固定有助于提高鳞茎重量的稳定性和一致性，使得这些DNA标记在高效育种中非常有用。本研究首次发现了稳定的鳞茎重量QTL，为基于标记的选择提供了遗传学依据，从而有望提高洋葱育种的效率。