基于基因组学的Campylotropis属（豆科）系统发育框架、生物地理学与性状演化研究

《Molecular Phylogenetics and Evolution》：Phylogenomic framework, biogeography and character evolution of the genus Campylotropis (Fabaceae, Papilionoideae)

本文通过整合77个叶绿体基因和1,233个单拷贝核基因(SCGs)数据，构建了Campylotropis属最全面的系统发育基因组学框架，证实其单系性并解析了6个主要分支。研究揭示了晚中新世以来全球气候变化与构造运动驱动了该属的辐射分化，并提出横断山脉-华南地区为其起源中心。该成果为生物多样性热点地区的演化机制研究提供了重要范式。

　　

^Highlight

^{Phylogenetic relationships}

我们获得了96份样本的完整环状叶绿体基因组序列和1,233个共享高质量单拷贝核基因(SCGs)序列。基于77个串联叶绿体蛋白编码基因(cp CDSs; 67,296 bp)和1,233个单拷贝核基因(SCGs; 424,112 bp)，通过最大似然法(ML)和贝叶斯推断(BI)构建了超级矩阵树。每个数据集的ML树（图3, S1, S2）在拓扑结构上高度一致，且与BI树相互印证。

^{Monophyly of Campylotropis and intergeneric relationships within Lespedezinae}

胡枝子亚族(Lespedezinae)包含三个属——Campylotropis、Lespedeza和Kummerowia。虽然Campylotropis与姊妹属的形态界限清晰，但其属内系统发育关系长期存在争议。我们的核基因系统发育树强有力地支持了Campylotropis的单系性，并揭示其与Lespedeza/Kummerowia分支形成姐妹群关系。值得注意的是，叶绿体系统发育树与核基因树之间存在显著冲突，这种基因组 discordance 可能由快速辐射演化过程中的叶绿体捕获事件和不完全谱系分选(ILS)共同导致。

^Conclusions

本研究构建了迄今最全面的Campylotropis系统发育基因组学框架，阐明了其演化历史、系统发育关系和生物地理格局。研究结果强有力地证实了Campylotropis在胡枝子亚族中的单系性及其与姊妹属的密切关系，从分子和形态证据双重角度确立了其独立属的地位。我们解决了长期悬而未决的系统发育难题，揭示了横断山脉-华南地区作为该属起源中心的关键作用，并勾勒出晚中新世以来气候变化与构造运动共同塑造的辐射演化图谱。