鸡细小病毒新型基因分型及中国中东部地区遗传异质性研究

《Poultry Science》：Novel Genotyping and Genetic Heterogeneity of Chicken Parvovirus in Central and Eastern China

本研究针对鸡细小病毒（CKPV）缺乏统一基因分型标准的问题，开展了中国中东部地区CKPV分子流行病学调查，基于VP2蛋白建立新型基因分型系统（CKPV-1/2及其亚型），发现18株新毒株均属CKPV-1a亚型，揭示重组事件和抗原表位变异，为CKPV防控提供理论依据。

　　

在现代化家禽养殖业中，肠道疾病一直是制约产业健康发展的关键因素。鸡群中出现生长迟缓、营养不良、腹泻等症状时，往往意味着巨大的经济损失。近年来，一种名为鸡细小病毒（Chicken Parvovirus, CKPV）的新型病原体逐渐浮出水面，它与禽类肠道疾病密切相关，自2008年首次被发现以来，已在匈牙利、克罗地亚、韩国、波兰和中国等多个国家的商业鸡群中引发不同程度的感染。然而，科学界对CKPV的认知仍存在诸多空白：缺乏统一的基因分型标准使得不同研究结果难以比较；其遗传进化规律尚不明确；病毒变异对病原性和免疫逃逸的潜在影响更是未知领域。

面对这些挑战，来自南阳师范大学的科研团队在《Poultry Science》上发表了最新研究成果。研究人员于2022年至2025年间对中国中东部四个主要家禽养殖省份（河南、湖北、江苏、安徽）的51个鸡场进行了大规模流行病学调查，共采集510份组织样本。通过PCR检测发现18个农场呈现CKPV阳性，阳性率达35.30%。对这些毒株进行全基因组测序后，研究人员开展了一系列深入的生物信息学分析。

关键技术方法包括：基于特异性引物的PCR检测技术、全基因组扩增与测序技术、多序列比对与系统发育分析、重组事件预测（使用RDP4和SimPlot软件）、抗原表位预测（使用DNAMAN软件）以及基于VP2蛋白氨基酸序列的基因分型系统建立。

分子流行病学特征

通过全基因组相似性分析发现，18株CKPV之间的相似性为93.46%-97.68%，而与55株参考毒株的相似性范围为40.40%-95.97%。进化分析显示这些毒株遗传关系密切，主要聚集在三个主要分支中，其中一株HB230502与参考毒株ChPV/CK/CH/HB/52形成独立分支，而JS240612、HN230505等毒株则形成另一个演化群。

新型基因分型系统建立

研究团队创新性地基于VP2蛋白氨基酸序列建立了CKPV基因分型系统。通过p-distance频率分布和邻接法进化树分析，将CKPV划分为两个主要基因型：CKPV-1（包含CKPV-1a和CKPV-1b亚型）和CKPV-2（包含CKPV-2a、CKPV-2b和CKPV-2c亚型）。所有新发现的18株CKPV均属于CKPV-1a亚型，与该亚型的国际参考毒株（来自巴西、匈牙利、新西兰、韩国、土耳其和美国）聚集在一起。而中国广西地区报道的毒株则分布在多个亚型中，提示CKPV-1a可能是中国中东部地区的优势流行亚型。

重组事件揭示病毒进化机制

重组分析发现了6个代表性重组事件，鉴定出4株重组毒株（AH231127、HB231019、HN230505和HN231202）。这些重组事件的亲本毒株主要来源于中国和美国，重组断点位于NS1和VP1编码区，表明重组可能在CKPV进化中扮演重要角色。所有重组毒株均属于CKPV-1a亚型，为基因型内重组。

抗原表位变异分析

对病毒衣壳蛋白VP1和VP2的抗原表位预测发现，VP1蛋白存在19个潜在线性表位，VP2蛋白有18个。与原型毒株ABU-P1相比，在18株CKPV中鉴定出22个位于预测B细胞表位区的氨基酸替换。NS1蛋白中发现了5个保守的氨基酸替换位点，其中641位点的酪氨酸被丝氨酸、苯丙氨酸或半胱氨酸替代，显示出高度变异性。这些变异可能影响病毒的抗原特性，但具体功能需要进一步验证。

该研究首次建立了CKPV的标准化基因分型系统，揭示了CKPV在中国中东部地区的流行特征和遗传多样性。研究发现CKPV-1a是当前该地区的优势流行亚型，且与国际毒株具有密切遗传联系。重组分析和氨基酸变异研究揭示了CKPV通过基因重组和点突变不断进化的潜在机制。这些发现不仅为CKPV的分子流行病学研究提供了新框架，也为后续疫苗设计和防控策略制定奠定了重要基础。随着CKPV在全球范围内不断扩散，这种统一的基因分型标准将极大促进不同地区疫情比较和溯源分析，对保障家禽养殖业健康发展具有重要意义。