人类的清除系统在组织和细胞类型中具有分层结构，这种结构支持着多种不同的蛋白质组组成

《Autophagy》：Human clearance systems have a layered architecture across tissues and cell types that supports varied proteome compositions

蛋白质清除是维持蛋白酶体健康的基础，研究通过多组学数据发现人类UPS和ALP系统具有广泛表达、编码更多基础蛋白和更依赖生长的特性，但子系统存在差异表达模式。其组织结构呈现分层特征：大层基因组织差异表达与特定功能、表型及疾病易感性相关；小层基因稳定表达且具有更高表达量、更多蛋白互作和生长必要性，可能构成核心系统。同时发现蛋白质清除与折叠存在组织协调性，且比合成更灵活，提示蛋白酶稳态网络具有层次化组织并适应蛋白质组组成，可能影响组织特异性表型。

　　

摘要

蛋白质清除对蛋白质组的健康至关重要。在真核生物中，这一过程由两个高度保守的蛋白酶系统完成：泛素-蛋白酶体系统（UPS）和自噬-溶酶体途径（ALP）。尽管这些系统起着关键作用，但人类蛋白质清除系统在组织和细胞类型中的基本组织结构仍不明确。在这里，我们利用多种组学数据集对此进行了研究。与其他蛋白质编码基因相比，UPS和ALP基因的表达范围更广，编码的保守性蛋白更多，并且对生长更为重要，这与其基本功能相符。然而，UPS和ALP子系统的表达模式存在差异。此外，每个系统都表现出分层结构。较大的层次包含在不同组织中差异表达的基因；组织特异性上调与组织特异性功能、表型和疾病易感性相关。较小的层次包含在多种组织中稳定表达的基因，这些基因的表达水平更高、范围更广，具有更多的蛋白质相互作用，并且对生长更为重要，表明它们构成了系统的核心。最后，我们将蛋白质清除与其他蛋白质稳态网络分支进行了比较。蛋白质清除和折叠在不同组织中紧密协调，且比蛋白质合成更具可塑性。综上所述，我们认为蛋白质稳态网络是分层组织的，并且根据蛋白质组的组成进行了调整。这种组织结构可能有助于解释组织特异性的表型。