基于计算减法蛋白质组学探索口腔链球菌(COL85/1862)的可成药及毒力蛋白

《Ecological Genetics and Genomics》：Exploring Druggable and Virulent Proteins in Streptococcus oralis (COL85/1862) through Computational Subtractive Proteomics Approach

本研究采用计算减法蛋白质组学方法，系统筛选口腔链球菌（S. oralis）COL85/1862菌株的潜在药物靶点。通过BLASTp、必需基因数据库（DEG）及蛋白质相互作用（PPI）网络分析，从1,816个总蛋白中鉴定出216个非人源同源、细菌必需且具成药性的蛋白，并进一步锁定10个枢纽蛋白及2个关键毒力蛋白（rplU和rpmF），为开发新型抗菌药物提供了重要靶点依据。

　　

亮点

蛋白质组检索

目标生物体口腔链球菌（S. oralis）（蛋白质组ID: UP000033657）的完整蛋白质组从UniProt数据库（https://www.uniprot.org/help/uniprotkb）以FASTA格式检索获得，使用了相应的登录号[12]。该数据集包含了与该生物体相关的所有蛋白质序列，为后续研究提供了全面的资源。检索到的蛋白质序列随后被用于进一步的计算和功能分析，有助于深入了解...

蛋白质组检索

口腔链球菌（S. oralis）的完整蛋白质组从UniProt数据库获得。该数据集作为我们减法蛋白质组学方法的主要来源。检索到的数据集包含1,816个蛋白质序列。这些序列随后被用于通过BLAST搜索鉴定人类非同源序列，接着进行必需蛋白鉴定、成药性分析、枢纽基因鉴定和毒力蛋白鉴定。研究结果，连同...

讨论

口腔链球菌（S. oralis）是链球菌属（Streptococcus spp.）中的一种革兰氏阳性草绿色链球菌[33]。这些机灵的病原体是口腔共生菌，有能力进入血流，可能导致菌血症和感染性心内膜炎。Chahal等人[34]和Do等人[35]的研究表明，与其他相关的口腔链球菌一样，口腔链球菌存在显著的遗传和表型变异。本研究采用减法蛋白质组学技术获取了细菌口腔链球菌的蛋白质组。通过...

结论

为了寻找口腔链球菌（S. oralis）中潜在的治疗靶点，本研究采用了一种系统的减法蛋白质组学方法。结果，本研究在口腔链球菌中鉴定出216个非宿主、必需且可成药的蛋白质。其中，基于网络拓扑结构，有10个被优先列为枢纽蛋白。对这10个枢纽蛋白的进一步研究揭示了两个蛋白质，即rplU和rpmF，被预测与毒力相关。将这四种毒力蛋白与已知...进行分子对接。