scITDG：一种用于识别单细胞转录组测序数据中时变基因的工具

《Marine Life Science & Technology》：scITDG: a tool for identifying time-dependent genes in single-cell transcriptome sequencing data

时间依赖单细胞转录组分析工具scITDG，通过自然立方样条回归与自助法采样，在Seurat/Scanpy平台中实现多时点单细胞表达模式动态解析，成功揭示小鼠衰老与两栖类肢体再生中的复杂基因调控模块，拓展了单细胞时序分析的应用场景。

　　

摘要

我们的研究介绍了scITDG，这是一种用于分析单细胞转录组测序数据中时间依赖性基因表达的工具，有效填补了当前分析资源中的空白。scITDG的一个关键优势在于它能够在单细胞分辨率下识别多个时间点的动态基因表达模式，这对于解读复杂的生物过程（如衰老和组织再生）至关重要。该工具与Seurat和Scanpy等广泛使用的单细胞分析平台兼容。通过将自然三次样条回归与自助重采样相结合，scITDG增强了这些平台的性能并拓宽了其应用范围。在本研究中，我们利用scITDG揭示了小鼠衰老过程和蝾螈肢体再生过程中的复杂基因表达模式，为细胞功能和响应机制提供了宝贵的见解。scITDG的多样性使其适用于广泛的生物学研究领域，包括发育、昼夜节律、疾病进展和治疗反应等。