关于韩国本地鸡主要组织相容性复合体I类BF2基因的遗传学研究：LEI0258微卫星标记与90个SNP位点的关联

《Immunogenetics》：Genetic insights into the major histocompatibility complex class I BF2 gene of Korean native chickens in relation to the LEI0258 microsatellite marker and the 90-SNP panel

本研究分析了韩国土鸡（KNC）六个品群的MHC-B区域，利用BSNP panel和LEI0258微卫星标记筛选出BF2基因同源个体。鉴定到30个新SNP，其中过半位于肽结合区，并发现4个独特BF2等位基因。虽标记与BF2基因无直接关联，但同源标记个体BF2区域高度同源。该结果为KNC的保种和疾病抗性育种提供了遗传基础。

　　

摘要

鸡的主要组织相容性复合体（MHC）是一种“最小必需MHC”，由经典I类（BF）和II类（BL）分子组成，它们分别向CD8⁺细胞毒性T细胞和CD4⁺辅助T细胞呈递肽段。I类分子主要由BF2基因编码，在针对病原体的免疫反应中起着核心作用。此外，这些分子表现出巨大的遗传多样性，这种多样性是由与病原体的分子军备竞赛驱动的，这种竞赛决定了肽段与多态性α1和α2结构域的结合。基因分型工具，如用于MHC-B区域的90个单核苷酸多态性（SNP）面板（BSNP）和LEI0258微卫星标记，已经揭示了鸡的MHC多样性，但未能捕捉到α1和α2结构域内的变异。在这项研究中，分析了六个韩国本地鸡（KNC）种群，以评估同时携带BSNP面板和LEI0258标记纯合子的个体的BF2基因多样性。两个标准的BF2等位基因B06和B09是相同的，而另外七个单倍型与KNC样本中的单倍型高度相似。共发现了30个新的SNP，其中超过一半位于肽段结合区域。大多数变异与先前通过聚合酶链反应（PCR）和下一代测序（NGS）获得的数据重叠，从而确定了KNC中的四个独特BF2等位基因。BSNP、LEI0258标记和BF2基因之间没有明显的相关性，但同时携带前两个标记的个体也具有纯合的BF2区域。这些发现为了解KNC种群的MHC多样性和免疫潜力提供了见解，支持了提高疾病抵抗力的保护和育种策略。

关键点

• LEI0258标记和BSNP单倍型是BF2基因纯合性的良好指标。

• 来自KNC品系的独特BF2等位基因表明具有较高的遗传多样性，可用于选择性育种和保护，以提高疾病抵抗力。