通过对Clavibacter属细菌通过Sec和Tat途径分泌的蛋白质进行计算机模拟分析，揭示了与其植物宿主范围相关的功能多样性

《Genome》：In silico analysis of secreted proteins via Sec- and Tat-pathways of Clavibacter spp. unravels functional diversity related to plant host range

Clavibacter属植物病原菌和非病原菌的比较基因组学研究揭示了其宿主适应机制，通过系统发育分析和全基因组比对发现多个物种的系统发育分化，并发现分泌蛋白（如CAZymes和expansins）和代谢物合成基因簇的分布与进化关系相关，农业实践可能影响其进化历史。

　　

摘要

Clavibacter属包含能够感染植物宿主的致病性和非致病性物种。我们采用了结构和功能分析方法进行比较基因组学研究，以揭示Clavibacter对植物宿主的适应性。结构分析方法包括系统发育分析和全基因组比对。系统发育分析表明，Clavibacter tessallarius、Clavibacter zhangzhiyongii、Clavibacter capcisi和Clavibacter phaseoli属于分化程度较高的物种；而Clavibacter nebraskensis、Clavibacter insidiosus、Clavibacter sepedonicus、Clavibacter sp. A6099、Clavibacter californiensis和Clavibacter michiganensis则形成了一个较新的单系群。研究还发现了基因组序列的共线性程度及基因组重排现象。功能分析主要基于Sec-和Tat途径分泌蛋白的预测与注释，以及代谢物生物合成潜力的评估。在Sec-和Tat途径分泌蛋白的研究中，我们重点关注了碳水化合物活性酶（CAZymes）和膨胀蛋白（expansins）。分泌蛋白的组成与Clavibacter的物种分类存在关联；预测得到的膨胀蛋白具有结构多样性，这可能与水平基因转移有关。此外，观察到不同Clavibacter物种之间的生物合成基因簇（BGCs）在分布和保守性上存在差异。研究结果表明，植物宿主的栽培方式可能影响了Clavibacter属的进化历程。此外，Sec-和Tat途径介导的分泌蛋白及其代谢物多样性可能是影响植物与Clavibacter相互作用的关键因素。生物学的这些认识有助于制定可持续的控制植物病害的策略。