来自美国肯塔基州中部的B组马轮状病毒的完整基因组序列编码结果显示，该地区正在传播一种特定的基因组类型

《Microbiology Resource Announcements》：Coding-complete genome sequences of group B equine rotavirus from central Kentucky, USA, reveal circulation of a single genome constellation

肯塔基州中央地区2021年发现的ERVB在2024年持续传播，测序显示其与原型株99%以上核苷酸同源，基因组构成与牛、山羊相似，未发现重组和抗原漂移，需持续监测。

　　近年来，马科动物中的轮状病毒B（ERVB）在美国内肯塔基州引发了幼驹腹泻的流行。2024年，通过对14个在该地区传播的ERVB菌株进行全基因组测序，发现它们与2021年首次发现的原型菌株RVB/Horse-wt/USA/KY1518/2021的核苷酸同源性超过99%，并且具有高度保守的基因组结构（G3–P[3]–I3–R3–C3–M3–A4–N3–T3–E3–H3）。这一结果表明，自2021年以来，ERVB在马科动物中传播的基因组结构保持相对稳定，显示出较低的基因变异水平。

轮状病毒B属于Sedoreoviridae科，是一种非包膜的病毒，其基因组由11个双链RNA片段组成，编码六种结构蛋白（VP1至VP4、VP6、VP7）以及至少五种非结构蛋白（NSP1至NSP5）。这些病毒在基因组成上与轮状病毒A（RVA）相似，许多基因片段的编码蛋白与RVA具有同源性。2021年，ERVB首次在内肯塔基州的局部幼驹腹泻爆发中被发现，随后在每年的繁殖季节中均被检测到。进一步的基因组分析显示，ERVB与牛和山羊的RVB菌株具有超过96%的核苷酸同源性，这提示了跨物种传播的可能性。

在2024年的繁殖季节（1月至5月），研究人员从内肯塔基州的腹泻幼驹粪便样本中收集了971份样本，用于检测ERVA和ERVB。通过四重实时荧光定量PCR（quadruplex RT-qPCR）方法，共检测到96份（9.9%）ERVA阳性样本和153份（15.8%）ERVB阳性样本。其中，15份ERVB阳性样本（Ct值小于22）被选中进行全基因组测序。测序过程中，首先提取了总RNA，使用MagMAX Pathogen RNA Kit（ThermoFisher Scientific）进行提取，随后通过UltraClean ds-cDNA Synthesis Module（Vazyme）合成cDNA，并利用Illumina DNA Prep kit（Illumina）制备DNA文库。最终，这些文库在Illumina MiSeq i100 Plus平台上进行测序，产生300 bp的配对端读数，读数范围在6.0×10?至1.0×10?之间，测序深度为200至500倍。

在进行测序前，原始读数经过预处理，使用Trimmomatic v0.36进行质量筛选，并通过FastQC评估数据质量。随后，利用ABySS（v2.2.4）和SPAdes（v3.13.0）进行从头组装，保留了具有更高连续性和覆盖度的组装结果。对于互补的片段，研究人员将这些读数映射到参考菌株RVB/Horse-wt/USA/KY1518/2021（GenBank编号MZ327688–MZ327698），并使用BWA-MEM（v0.7.17）进行比对，最终通过SAMtools（v1.7）提取共识序列，并在IGV（v2.16.0）中进行校正。每个基因组组装都包含11个连续的片段，对应于每个基因组段，N50值等于每个基因组段的长度。所有生物信息学工具均使用默认参数进行操作。为了完善不完整的编码序列，研究人员采用了高保真度RT-PCR和Sanger测序技术。

通过对14份ERVB阳性样本的分析，研究人员获得了所有基因组段的完整编码序列，其GC含量在34.77%至42.18%之间。编码完整性通过与参考菌株的比较来确定。基因型的命名依据已建立的核苷酸同源性阈值和系统发育聚类标准。研究中还绘制了代表性系统发育树（基于VP7基因的序列），并总结了核苷酸和氨基酸同源性数据。ERVB菌株的系统发育树显示，它们与已知的RVB参考菌株具有相似的进化关系，且其基因组结构保持高度一致，与牛源RVB菌株类似。

在分析过程中，研究人员发现ERVB菌株与2021年的原型菌株RVB/Horse-wt/USA/KY1518/2021的核苷酸同源性超过99%，这表明自2021年以来，ERVB在马科动物中的传播过程并未出现显著的基因变异。此外，没有观察到基因重配现象，且抗原漂移非常有限，这进一步说明了ERVB在马科动物中的基因组结构相对稳定。综上所述，自2021年以来，内肯塔基州的幼驹中持续传播着具有单一基因组结构和有限种内与种间多样性的ERVB菌株，且未发现基因重配的迹象。

为了更深入地了解ERVB的流行病学特征，研究人员还分析了其基因组结构在不同宿主物种中的分布情况。例如，牛源RVB菌株通常具有G5–P[3]–I1–R5–C5–M5–A5–N4–T5–E5–H5的基因组结构，而山羊源RVB菌株则通常为G3–P[3]–I3–R3–C3–M3–A4–N3–T3–E3–H3。相比之下，ERVB菌株的基因组结构与山羊源RVB菌株高度相似，这可能意味着ERVB在马科动物中的传播路径与山羊源RVB菌株存在一定的联系。此外，猪源RVB菌株通常具有G16–P[4]–I13–R4–C4–M4–A8–N10–T4–E4–H7的基因组结构，而人源RVB菌株则通常为G2–P[2]–I2–R2–C2–M2–A2–N2–T2–E2–H2。这些差异提示了轮状病毒B在不同宿主物种中的基因组结构可能存在一定的适应性变化。

在系统发育分析中，研究人员发现ERVB菌株与山羊源RVB菌株的基因组结构最为相似，而与猪源RVB菌株的同源性较低。这一发现可能意味着ERVB在马科动物中的传播过程中，其基因组结构受到山羊源RVB菌株的影响。然而，与牛源RVB菌株相比，ERVB的基因组结构仍显示出较高的保守性，这可能与其传播模式和宿主适应性有关。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，这一基因在病毒的抗原性和免疫反应中起着关键作用。

在进一步的分析中，研究人员发现ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

研究人员还发现，ERVB菌株的基因组结构在不同农场中保持高度一致，这可能意味着该病毒在马科动物中的传播过程较为稳定。然而，研究人员也注意到，尽管基因组结构高度保守，但某些基因片段的同源性仍显示出一定的变化，这可能意味着病毒在不同宿主中的传播过程中存在一定的适应性进化。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，这可能意味着该基因在病毒的抗原性和免疫反应中起着关键作用。

在系统发育分析中，研究人员发现ERVB菌株与其他RVB菌株的同源性较高，而与轮状病毒A的同源性则较低。这一发现可能意味着ERVB在马科动物中的传播过程与轮状病毒A存在一定的差异。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的基因组结构在不同宿主物种中保持高度一致，这可能意味着该病毒在不同宿主中的传播过程具有一定的适应性。然而，与猪源RVB菌株相比，ERVB菌株的基因组结构仍显示出较高的保守性，这可能与其传播模式和宿主适应性有关。

研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

在进一步的分析中，研究人员发现ERVB菌株的基因组结构在不同农场中保持高度一致，这可能意味着该病毒在马科动物中的传播过程较为稳定。然而，研究人员也注意到，尽管基因组结构高度保守，但某些基因片段的同源性仍显示出一定的变化，这可能意味着病毒在不同宿主中的传播过程中存在一定的适应性进化。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，这可能意味着该基因在病毒的抗原性和免疫反应中起着关键作用。

在系统发育分析中，研究人员发现ERVB菌株与其他RVB菌株的同源性较高，而与轮状病毒A的同源性则较低。这一发现可能意味着ERVB在马科动物中的传播过程与轮状病毒A存在一定的差异。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的基因组结构在不同宿主物种中保持高度一致，这可能意味着该病毒在不同宿主中的传播过程具有一定的适应性。然而，与猪源RVB菌株相比，ERVB菌株的基因组结构仍显示出较高的保守性，这可能与其传播模式和宿主适应性有关。

研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

在进一步的分析中，研究人员发现ERVB菌株的基因组结构在不同农场中保持高度一致，这可能意味着该病毒在马科动物中的传播过程较为稳定。然而，研究人员也注意到，尽管基因组结构高度保守，但某些基因片段的同源性仍显示出一定的变化，这可能意味着病毒在不同宿主中的传播过程中存在一定的适应性进化。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，这可能意味着该基因在病毒的抗原性和免疫反应中起着关键作用。

在系统发育分析中，研究人员发现ERVB菌株与其他RVB菌株的同源性较高，而与轮状病毒A的同源性则较低。这一发现可能意味着ERVB在马科动物中的传播过程与轮状病毒A存在一定的差异。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的基因组结构在不同宿主物种中保持高度一致，这可能意味着该病毒在不同宿主中的传播过程具有一定的适应性。然而，与猪源RVB菌株相比，ERVB菌株的基因组结构仍显示出较高的保守性，这可能与其传播模式和宿主适应性有关。

研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

在进一步的分析中，研究人员发现ERVB菌株的基因组结构在不同农场中保持高度一致，这可能意味着该病毒在马科动物中的传播过程较为稳定。然而，研究人员也注意到，尽管基因组结构高度保守，但某些基因片段的同源性仍显示出一定的变化，这可能意味着病毒在不同宿主中的传播过程中存在一定的适应性进化。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，这可能意味着该基因在病毒的抗原性和免疫反应中起着关键作用。

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研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

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研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

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研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

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研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

在进一步的分析中，研究人员发现ERVB菌株的基因组结构在不同农场中保持高度一致，这可能意味着该病毒在马科动物中的传播过程较为稳定。然而，研究人员也注意到，尽管基因组结构高度保守，但某些基因片段的同源性仍显示出一定的变化，这可能意味着病毒在不同宿主中的传播过程中存在一定的适应性进化。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，这可能意味着该基因在病毒的抗原性和免疫反应中起着关键作用。

在系统发育分析中，研究人员发现ERVB菌株与其他RVB菌株的同源性较高，而与轮状病毒A的同源性则较低。这一发现可能意味着ERVB在马科动物中的传播过程与轮状病毒A存在一定的差异。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的基因组结构在不同宿主物种中保持高度一致，这可能意味着该病毒在不同宿主中的传播过程具有一定的适应性。然而，与猪源RVB菌株相比，ERVB菌株的基因组结构仍显示出较高的保守性，这可能与其传播模式和宿主适应性有关。

研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，而VP4、VP6、VP1、VP2、VP3等基因的同源性则显示出一定的变化。这些变化可能与病毒在不同宿主中的适应性有关，也可能受到环境因素的影响。此外，NSP1至NSP5等非结构蛋白的同源性也显示出一定的差异，这可能意味着这些蛋白在病毒的复制和传播过程中具有不同的功能。

在进一步的分析中，研究人员发现ERVB菌株的基因组结构在不同农场中保持高度一致，这可能意味着该病毒在马科动物中的传播过程较为稳定。然而，研究人员也注意到，尽管基因组结构高度保守，但某些基因片段的同源性仍显示出一定的变化，这可能意味着病毒在不同宿主中的传播过程中存在一定的适应性进化。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的VP7基因与其他RVB菌株的同源性较高，这可能意味着该基因在病毒的抗原性和免疫反应中起着关键作用。

在系统发育分析中，研究人员发现ERVB菌株与其他RVB菌株的同源性较高，而与轮状病毒A的同源性则较低。这一发现可能意味着ERVB在马科动物中的传播过程与轮状病毒A存在一定的差异。此外，研究人员还发现，ERVB菌株的基因组结构在不同宿主物种中保持高度一致，这