构象响应型Hoogsteen三链体触发准发夹信标折叠用于无标记荧光生物传感

《Sensors and Actuators B: Chemical》：Conformation-responsive Hoogsteen triplex to trigger quasi-hairpin beacon folding for label-free fluorescence biosensing

本文构建了一种由靶标识别链(RS)和准发夹信标(qHB)组成的定制三链体(RS·qHB)，通过靶标(TH)触发的Hoogsteen三链体解离激活qHB自折叠，使分裂模板定向组装为 bifurcated parent template 开发绿色银纳米簇(gAgNC)荧光信号。该无标记免扩增策略为特异性生物标志物检测提供了更简单经济的新范式。

　　

章节亮点

化学品与试剂

本研究所用寡核苷酸均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成，并通过高效液相色谱纯化(表S1)，主要包括HIV特异性DNA生物标志物靶标(T_H, 21核苷酸)、带有两个功能模块(特别是可变茎)的T_H识别链(RS)，以及携带两个用于宿主gAgNC的分裂模板的准发夹信标(qHB, 39核苷酸)。其他针对SARS、MERS、SARS-CoV、SARS-CoV-2的DNA片段或具有...

用于无标记荧光生物传感的T_H响应型三链体开关设计

探索Watson-Crick和Hoogsteen三链体的响应性构象转换以驱动发光gAgNC的荧光生物传感，可能为HIV特异性DNA片段靶标触发物(T_H, 21核苷酸)的简单快速检测提供新思路。作为概念验证，特别设计了定制的Hoogsteen三链体(RS·qHB)，其包含一个T_H识别链(RS)和一个准发夹信标(qHB)。如方案1所示，qHB编码有三个功能模块：(i)一个Hoogsteen...

结论

总之，我们探索了Hoogsteen三链体结构的响应性构象转换，以驱动准发夹信标(qHB)的自折叠，通过采用发光gAgNC作为信号报告基因，实现了对HIV特异性DNA片段(T_H)的无标记荧光生物传感。为构建定制三链体，设计了功能性的T_H识别链(RS)，其中间为互补序列并带有两个远端toehold，而宿主gAgNC的两个模板分裂则系于qHB的两端。