新的生物传感器方法作为评估微生物代谢的第一步:以甲基营养红球菌(Rhodococcus methylotrophy)为例
《Process Biochemistry》:New biosensor method as a first step in assessing microbial metabolism: case study of
Rhodococcus methylotrophy
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时间:2025年11月03日
来源:Process Biochemistry 4
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本研究利用新型生物传感器方法(BMAFM),通过反应型微生物传感器(RMSD)和膜型微生物传感器(MMSD)联用,比较了两种甲烷氧化菌对甲烷的代谢能力。实验表明,R. wratislaviensis因具有构成性甲烷代谢酶系可在甲烷培养基中生长,而R. koreensis缺乏该酶系导致无法利用甲烷生长。该新方法为快速评估微生物代谢底物提供了简便工具,对分类学、生物修复及发酵研究具有重要意义。
Elena Emelyanova 是来自俄罗斯科学院普希金生物研究中心的科学家,她在 G.K. Skryabin 生物化学与微生物生理研究所的生物传感器实验室工作。她的研究聚焦于微生物代谢特性,尤其是与甲醇相关的代谢机制。在一项研究中,她提出了一种新的、简单且易于使用的电化学生物传感器方法,用于评估微生物培养物对生长底物的利用能力。这一方法结合了实验室中用于微生物传感器的两种设备模型,以分析微生物代谢酶的组成性和诱导性。通过这种方法,她能够更有效地研究微生物的分类、生物修复以及发酵特性。
这项研究的背景源于甲醇作为一种重要的有机溶剂和碳源,对某些微生物具有重要的代谢意义。甲醇是单羟基醇,具有毒性,对人类可导致严重的酸中毒和失明。然而,在自然环境中,甲醇是植物代谢的副产物,同时也成为好氧甲醇营养菌的碳源和能量来源。甲醇营养菌是指能够利用一碳化合物或不含碳-碳键的多碳化合物进行能量和碳代谢的微生物。这些微生物可以分为专性甲醇营养菌和兼性甲醇营养菌,前者只能在甲醇作为唯一碳源的条件下生长,而后者则可以利用其他碳源。此外,一些放线菌也被归入甲醇营养菌的范畴,尽管它们通常不被视为典型的甲醇营养菌。
甲醇脱氢酶是甲醇代谢的第一步,即甲醇转化为甲醛的关键酶。根据其电子受体的不同,甲醇脱氢酶可以分为三类:NAD+依赖型、PQQ(吡咯喹啉醌)依赖型和NDMA(4-硝基-N,N-二甲ylaniline)依赖型。NAD+依赖型脱氢酶在耐热的革兰氏阳性甲醇营养菌中起作用,这些菌缺乏周质空间,因此其代谢过程发生在细胞质中。PQQ依赖型脱氢酶则在革兰氏阴性甲醇营养菌中起作用,其代谢过程发生在周质空间。NAD+依赖型脱氢酶的氧化过程产生的电子被直接导入革兰氏阳性菌的电子传递链,而PQQ依赖型脱氢酶的电子则通过细胞色素c传递至革兰氏阴性菌的电子传递链。NDMA依赖型脱氢酶则在某些放线菌中起作用,它使用NDMA作为电子受体,催化甲醇的氧化过程,并且这一过程会改变放线菌的呼吸方式,可以通过克拉克型氧电极检测到。
在研究中,Elena Emelyanova 使用了一种新的兼性甲醇营养菌——Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782,该菌是从亚速海沿岸分离得到的。通过16S rRNA测序,她发现Ac-2782菌株与其他Rhodococcus菌种,如Rhodococcus koreensis DNP505T,具有高达99.2%的相似性。然而,Rhodococcus koreensis DNP505T却无法在含有甲醇的培养基中生长。这表明,尽管两种菌株在基因水平上非常接近,但它们在甲醇代谢方面的能力存在显著差异。
微生物是否能够利用某种底物进行生长,取决于其细胞中是否存在相应的代谢酶系统。如果细胞中含有组成性酶,那么在首次接触底物时即可开始生长。如果细胞中存在诱导性酶,则需要在底物存在的情况下进行预培养,以触发诱导性酶的合成。然而,无论组成性还是诱导性酶系统,底物都需要进入细胞内才能被利用。因此,如果一种微生物无法在含有甲醇的培养基中生长,说明其细胞中缺乏甲醇代谢的酶系统,即使甲醇能够进入细胞,也无法被代谢。
为了评估微生物是否能够利用甲醇进行生长,传统的研究方法通常需要耗费大量时间和资源,包括在含有甲醇的培养基中培养微生物以及进行基因分析。然而,Elena Emelyanova 提出的新生物传感器方法(BMAFM)可以更快速、高效地预测微生物是否能够利用甲醇作为生长底物。这一方法通过两种类型的生物传感器设备模型——反应型微生物传感器(RMSD)和膜型微生物传感器(MMSD)——来检测微生物的代谢特性。
RMSD 是一种基于完整微生物细胞的设备,其响应来自于甲醇与细胞内代谢酶的直接相互作用。如果微生物细胞中含有组成性酶,那么在首次接触甲醇时即可检测到响应。因此,RMSD 可以用于评估微生物对甲醇的代谢能力。而 MMSD 是一种基于固定微生物细胞的设备,其响应不仅包括甲醇的运输过程,还包括酶与底物的相互作用。如果微生物细胞中缺乏甲醇代谢的酶系统,那么 MMSD 记录的响应则主要来自于甲醇的运输过程。因此,MMSD 可以用于评估微生物对甲醇的运输能力。
通过结合使用 RMSD 和 MMSD,Elena Emelyanova 能够更全面地评估微生物对甲醇的代谢能力。她研究的两种菌株——Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 和 Rhodococcus koreensis DNP505T——分别代表了能够利用甲醇的微生物和无法利用甲醇的微生物。她的研究发现,Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 能够在含有甲醇的培养基中生长,而 Rhodococcus koreensis DNP505T 却无法生长。这一结果表明,两种菌株在甲醇代谢能力上存在显著差异,其中 Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 含有组成性的甲醇代谢酶系统,而 Rhodococcus koreensis DNP505T 则缺乏该系统。
她的研究还强调了生物传感器方法在微生物研究中的重要性。这一方法不仅能够快速检测微生物对底物的利用能力,还能用于评估其代谢酶的组成性和诱导性。通过这种方法,研究人员可以更高效地进行微生物分类、生物修复以及发酵过程的研究。此外,这一方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的工具,能够显著提高研究效率。
Elena Emelyanova 的研究还涉及了微生物培养条件的优化。她使用的培养基是琼脂化的 LB 培养基,培养温度为 28°C,培养时间为 5 天。在培养结束后,她通过使用无菌自来水清洗培养物,以去除未被利用的底物。这种清洗步骤有助于确保实验结果的准确性,并避免底物残留对后续实验的干扰。她的研究还指出,微生物的生长和代谢能力受到多种因素的影响,包括底物的浓度、培养条件以及微生物自身的生理状态。因此,在进行实验设计时,需要综合考虑这些因素,以确保实验结果的可靠性。
通过使用生物传感器方法,Elena Emelyanova 能够更准确地评估微生物对甲醇的利用能力。她的研究发现,甲醇脱氢酶的存在与否是决定微生物是否能够在含有甲醇的培养基中生长的关键因素。Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 含有甲醇脱氢酶,因此能够利用甲醇作为碳源和能量来源。而 Rhodococcus koreensis DNP505T 缺乏甲醇脱氢酶,因此即使甲醇能够进入细胞,也无法被代谢。这一发现为微生物代谢研究提供了重要的依据,并表明生物传感器方法在这一领域具有广泛的应用前景。
她的研究还探讨了生物传感器方法在微生物研究中的实际应用。通过使用两种类型的生物传感器设备,研究人员可以更全面地了解微生物的代谢特性。RMSD 和 MMSD 的结合使用能够提供关于微生物代谢酶组成性和诱导性的信息,从而帮助研究人员快速判断微生物是否能够利用特定底物进行生长。这种方法不仅提高了研究效率,还降低了实验成本,使得微生物研究更加可行。
此外,Elena Emelyanova 的研究还涉及了微生物的分类和生态功能。她指出,甲醇营养菌的分类并不总是与细菌的分类学特征相一致,因此需要通过代谢特性来进一步区分。她的研究结果表明,生物传感器方法可以作为评估微生物分类学特征的重要工具,帮助研究人员更准确地识别微生物的代谢能力。这种方法在微生物生态学、生物修复和发酵工程等领域具有广泛的应用价值。
她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
通过使用生物传感器方法,Elena Emelyanova 能够更深入地理解微生物的代谢机制。她的研究发现,甲醇脱氢酶的类型和存在与否是决定微生物是否能够利用甲醇的关键因素。NAD+依赖型脱氢酶在革兰氏阳性菌中起作用,而 PQQ 依赖型脱氢酶在革兰氏阴性菌中起作用。NDMA 依赖型脱氢酶则在某些放线菌中起作用,并且其代谢过程会改变放线菌的呼吸模式。因此,不同的脱氢酶类型可能对应不同的代谢机制和生理特性。
她的研究还涉及了微生物的生理特性。例如,Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 能够在含有甲醇的培养基中生长,这表明其细胞具有一定的代谢能力。而 Rhodococcus koreensis DNP505T 却无法生长,这可能与其缺乏甲醇代谢酶有关。因此,微生物的生理特性与其代谢能力密切相关,而生物传感器方法可以作为评估这些特性的有效工具。
Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中具有重要的应用价值。通过这种方法,研究人员可以快速判断微生物是否能够利用特定底物进行生长,从而为微生物分类、生物修复和发酵工程提供重要的支持。此外,这种方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的、快速且高效的工具,能够显著提高研究效率。
她的研究还涉及了微生物的运输机制。例如,Rhodococcus koreensis DNP505T 虽然能够将甲醇运输至细胞内,但无法将其代谢。这表明,甲醇的运输和代谢是两个不同的过程,而生物传感器方法可以用于分别评估这两个过程。通过使用 MMSD,研究人员可以检测微生物对甲醇的运输能力,而通过使用 RMSD,研究人员可以检测微生物对甲醇的代谢能力。因此,这两种设备的结合使用能够提供更全面的信息,帮助研究人员更准确地评估微生物的代谢能力。
Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中具有重要的应用前景。通过这种方法,研究人员可以更高效地评估微生物的代谢能力,从而为微生物分类、生物修复和发酵工程提供重要的支持。此外,这种方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的、快速且高效的工具,能够显著提高研究效率。
她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
通过使用生物传感器方法,Elena Emelyanova 能够更深入地理解微生物的代谢机制。她的研究发现,甲醇脱氢酶的类型和存在与否是决定微生物是否能够利用甲醇的关键因素。NAD+依赖型脱氢酶在革兰氏阳性菌中起作用,而 PQQ 依赖型脱氢酶在革兰氏阴性菌中起作用。NDMA 依赖型脱氢酶则在某些放线菌中起作用,并且其代谢过程会改变放线菌的呼吸模式。因此,不同的脱氢酶类型可能对应不同的代谢机制和生理特性。
她的研究还涉及了微生物的生理特性。例如,Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 能够在含有甲醇的培养基中生长,这表明其细胞具有一定的代谢能力。而 Rhodococcus koreensis DNP505T 却无法生长,这可能与其缺乏甲醇代谢酶有关。因此,微生物的生理特性与其代谢能力密切相关,而生物传感器方法可以作为评估这些特性的有效工具。
Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中具有重要的应用价值。通过这种方法,研究人员可以更高效地评估微生物的代谢能力,从而为微生物分类、生物修复和发酵工程提供重要的支持。此外,这种方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的、快速且高效的工具,能够显著提高研究效率。
她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
通过使用生物传感器方法,Elena Emelyanova 能够更深入地理解微生物的代谢机制。她的研究发现,甲醇脱氢酶的类型和存在与否是决定微生物是否能够利用甲醇的关键因素。NAD+依赖型脱氢酶在革兰氏阳性菌中起作用,而 PQQ 依赖型脱氢酶在革兰氏阴性菌中起作用。NDMA 依赖型脱氢酶则在某些放线菌中起作用,并且其代谢过程会改变放线菌的呼吸模式。因此,不同的脱氢酶类型可能对应不同的代谢机制和生理特性。
她的研究还涉及了微生物的生理特性。例如,Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 能够在含有甲醇的培养基中生长,这表明其细胞具有一定的代谢能力。而 Rhodococcus koreensis DNP505T 却无法生长,这可能与其缺乏甲醇代谢酶有关。因此,微生物的生理特性与其代谢能力密切相关,而生物传感器方法可以作为评估这些特性的有效工具。
Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中具有重要的应用价值。通过这种方法,研究人员可以更高效地评估微生物的代谢能力,从而为微生物分类、生物修复和发酵工程提供重要的支持。此外,这种方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的、快速且高效的工具,能够显著提高研究效率。
她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
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她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
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Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中具有重要的应用价值。通过这种方法,研究人员可以更高效地评估微生物的代谢能力,从而为微生物分类、生物修复和发酵工程提供重要的支持。此外,这种方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的、快速且高效的工具,能够显著提高研究效率。
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她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
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她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
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她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
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她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
通过使用生物传感器方法,Elena Emelyanova 能够更深入地理解微生物的代谢机制。她的研究发现,甲醇脱氢酶的类型和存在与否是决定微生物是否能够利用甲醇的关键因素。NAD+依赖型脱氢酶在革兰氏阳性菌中起作用,而 PQQ 依赖型脱氢酶在革兰氏阴性菌中起作用。NDMA 依赖型脱氢酶则在某些放线菌中起作用,并且其代谢过程会改变放线菌的呼吸模式。因此,不同的脱氢酶类型可能对应不同的代谢机制和生理特性。
她的研究还涉及了微生物的生理特性。例如,Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 能够在含有甲醇的培养基中生长,这表明其细胞具有一定的代谢能力。而 Rhodococcus koreensis DNP505T 却无法生长,这可能与其缺乏甲醇代谢酶有关。因此,微生物的生理特性与其代谢能力密切相关,而生物传感器方法可以作为评估这些特性的有效工具。
Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中具有重要的应用价值。通过这种方法,研究人员可以更高效地评估微生物的代谢能力,从而为微生物分类、生物修复和发酵工程提供重要的支持。此外,这种方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的、快速且高效的工具,能够显著提高研究效率。
她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
通过使用生物传感器方法,Elena Emelyanova 能够更深入地理解微生物的代谢机制。她的研究发现,甲醇脱氢酶的类型和存在与否是决定微生物是否能够利用甲醇的关键因素。NAD+依赖型脱氢酶在革兰氏阳性菌中起作用,而 PQQ 依赖型脱氢酶在革兰氏阴性菌中起作用。NDMA 依赖型脱氢酶则在某些放线菌中起作用,并且其代谢过程会改变放线菌的呼吸模式。因此,不同的脱氢酶类型可能对应不同的代谢机制和生理特性。
她的研究还涉及了微生物的生理特性。例如,Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 能够在含有甲醇的培养基中生长,这表明其细胞具有一定的代谢能力。而 Rhodococcus koreensis DNP505T 却无法生长,这可能与其缺乏甲醇代谢酶有关。因此,微生物的生理特性与其代谢能力密切相关,而生物传感器方法可以作为评估这些特性的有效工具。
Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中具有重要的应用价值。通过这种方法,研究人员可以更高效地评估微生物的代谢能力,从而为微生物分类、生物修复和发酵工程提供重要的支持。此外,这种方法还可以用于评估微生物的生理特性,如呼吸模式的变化。因此,生物传感器方法为微生物研究提供了一种新的、快速且高效的工具,能够显著提高研究效率。
她的研究还强调了微生物代谢研究的重要性。甲醇作为重要的碳源和能量来源,其代谢能力不仅影响微生物的生长,还可能影响其在生态系统中的作用。例如,某些微生物能够通过甲醇代谢参与碳循环,而另一些微生物则可能利用甲醇进行生物修复。因此,了解微生物的代谢能力对于生态学研究和生物技术应用具有重要意义。Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法能够为这些研究提供重要的支持,使得研究人员能够更高效地评估微生物的代谢能力。
通过使用生物传感器方法,Elena Emelyanova 能够更深入地理解微生物的代谢机制。她的研究发现,甲醇脱氢酶的类型和存在与否是决定微生物是否能够利用甲醇的关键因素。NAD+依赖型脱氢酶在革兰氏阳性菌中起作用,而 PQQ 依赖型脱氢酶在革兰氏阴性菌中起作用。NDMA 依赖型脱氢酶则在某些放线菌中起作用,并且其代谢过程会改变放线菌的呼吸模式。因此,不同的脱氢酶类型可能对应不同的代谢机制和生理特性。
她的研究还涉及了微生物的生理特性。例如,Rhodococcus wratislaviensis VKM Ac-2782 能够在含有甲醇的培养基中生长,这表明其细胞具有一定的代谢能力。而 Rhodococcus koreensis DNP505T 却无法生长,这可能与其缺乏甲醇代谢酶有关。因此,微生物的生理特性与其代谢能力密切相关,而生物传感器方法可以作为评估这些特性的有效工具。
Elena Emelyanova 的研究结果表明,生物传感器方法在微生物研究中
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