基于DNA连接点的个性化液体活检检测方法有助于制定针对侵袭性子宫内膜癌的治疗方案

《International Journal of Gynecological Cancer》：DNA-junction-based Personalized Liquid Biopsy Assays could inform management of Aggressive Endometrial Cancer

检测高危子宫内膜癌患者血液中ctDNA的临床价值及可行性研究。采用个性化DNA连接基qPCR方法，术前检测71%病例（早程56%，晚程88%）发现ctDNA，其水平与患者预后相关，并可在影像学检查前10个月预测复发。

　　在本研究中，科学家们探讨了一种基于DNA连接点的定量PCR（qPCR）检测方法，用于在高风险子宫内膜癌患者的血液中检测和量化循环肿瘤DNA（ctDNA）。这项研究的目的是评估该方法的临床有效性和可行性，特别是在术前和术后连续监测的背景下。通过这种方法，研究团队希望为癌症复发的早期预测提供一种更敏感的生物标志物，以改善患者的治疗决策和预后。

研究团队选取了36名患者的数据进行分析，从中筛选出具有代表性的体细胞肿瘤特异性DNA连接点。随后，为每个选定的连接点开发了个性化的qPCR检测方法，并应用于可获得的血液样本，以测量ctDNA的水平。研究结果表明，在术前检测中，有71%的病例检测到了ctDNA（其中56%为早期阶段，88%为晚期阶段）。在具有术前预放大ctDNA数据的15名患者中，检测到ctDNA水平升高的患者在生存状态上表现出明显差异，具体表现为“Alive with Disease”（疾病状态下存活）或“Died of Disease”（因疾病死亡）的患者，其ctDNA水平显著高于“No Evidence of Disease”（无疾病证据）的患者（p < 0.005）。此外，在对17名患者进行连续监测的过程中，ctDNA的检测在五例中早于临床复发的发现，而在另一例中与临床发现同时发生，但需要注意的是，影像学检查通常无法与血液采集时间完全同步。

这些结果表明，基于DNA连接点的个性化ctDNA检测方法在术前预后和复发预测方面展现出良好的临床有效性。与传统的影像学检查和CA125检测相比，该方法在某些情况下能够更早地发现癌症的复发迹象。CA125作为常规的生物标志物，虽然在术前检测中具有一定的敏感性，但在高风险子宫内膜癌复发病例中，仅有不到10%的患者会表现出CA125水平的升高。因此，对于高风险子宫内膜癌患者而言，开发一种更为敏感的生物标志物以实现早期复发检测，是当前医学研究的重要方向。

在肿瘤治疗和监测领域，液体活检作为一种新兴的检测手段，正在被广泛应用于多种实体肿瘤。液体活检通过检测血液中的ctDNA，可以在总循环细胞游离DNA（cfDNA）的背景下识别肿瘤的分子特征。这种方法不仅能够检测手术后可能残留的最小肿瘤病灶（MRD），还能够帮助医生评估患者的复发风险，从而指导辅助治疗的选择。此外，长期的ctDNA监测可能在某些情况下比标准的影像学检查更早发现肿瘤的复发，例如在卵巢癌中，ctDNA检测可能比影像学检查提前约10个月；在结直肠癌中，提前约8.7个月；在胃癌中，提前约4个月。这些发现强调了ctDNA作为早期复发检测工具的潜力。

然而，目前大多数ctDNA检测方法依赖于热点突变或广泛的基因组特征，这在异质性较强的肿瘤如子宫内膜癌中可能显得不够敏感。为了解决这一问题，研究团队采用了一种个性化的方法，即针对特定的体细胞染色体连接点进行检测。这种方法利用了每个肿瘤特有的连接点池，具有较高的灵敏度，并且可以通过多拷贝或扩增的方式提高检测的准确性，同时避免与克隆性造血相关的假阳性结果。此前，该方法已在卵巢癌和子宫内膜癌的可行性研究中得到应用，显示出良好的前景。

在本研究中，科学家们回顾性地评估了个性化ctDNA检测方法在高风险子宫内膜癌患者中的可行性。这些患者均属于组织学上高风险的I至IV期子宫内膜癌，且具有ctDNA样本的可获得性。研究团队基于这些条件筛选出合适的患者，并进行了详细的分析。通过这种个性化的检测方法，研究团队能够更精确地识别和量化ctDNA，从而为患者的治疗和监测提供更可靠的信息。

在研究过程中，科学家们不仅关注ctDNA的检测，还探讨了其在临床和病理特征上的关联性。研究结果显示，ctDNA的检测与患者的预后存在显著相关性。此外，通过连续的血液样本采集，科学家们发现ctDNA的检测能够提前发现肿瘤的复发，从而为医生提供更早的干预机会。这些结果表明，个性化ctDNA检测方法在提高癌症复发检测的敏感性和准确性方面具有重要价值。

此外，研究团队还讨论了该方法在现有文献中的位置。目前，关于基于DNA连接点的个性化ctDNA检测方法的研究仍处于初步阶段，但在卵巢癌和子宫内膜癌的可行性研究中已经显示出良好的前景。与传统的影像学检查相比，这种方法能够在更早的时间点发现癌症的复发，为患者的治疗决策提供更多的依据。同时，这种方法还能够为医生提供更全面的肿瘤信息，从而优化治疗方案。

研究团队还提到，个性化ctDNA检测方法在临床应用中需要进一步验证。尽管初步结果显示该方法在术前和术后监测中具有较高的敏感性和可行性，但还需要更多的研究来确认其在不同患者群体中的适用性。此外，研究团队还强调了该方法在实际应用中的挑战，例如如何确保样本的可获得性、如何优化检测方法的特异性以及如何在临床实践中整合这一工具。

在研究过程中，科学家们还考虑了伦理和知情同意的问题。所有研究方法均符合相关指南和法规，且所有实验方案均得到了梅奥诊所机构审查委员会（IRB）的批准。此外，研究团队还获得了所有参与者的知情同意，或其法定监护人的同意。这些措施确保了研究的伦理合规性，并保护了参与者的隐私和权益。

在研究团队的贡献方面，不同成员在研究的不同阶段发挥了重要作用。例如，James B. Smadbeck负责软件开发、研究设计和数据分析；Stephen J. Murphy负责监督研究、方法设计和概念化；Janet L. Schaefer-Klein负责项目管理和资金获取；Angela R. Emanuel提供资源支持；Alan R. Penheiter负责数据可视化；Farhad Kosari参与数据分析；Sotiris Sotiriou负责数据管理；Luigi A. De Vitis负责撰写和审阅文章、方法验证、研究设计和数据分析；Tommaso Grassi负责数据管理；Faye R. Harris则在研究中发挥了重要作用。这些贡献表明，研究团队在多个方面都具备专业能力和合作精神。

在研究的资助方面，该研究得到了梅奥诊所个性化医学中心的支持。这种资助确保了研究的顺利进行，并为科学家们提供了必要的资源和条件。此外，研究团队还提到，部分作者在某些领域存在潜在的利益冲突。例如，George Vasmatzis是WholeGenome LLC的拥有者，而Angela R. Emanuel则获得了多项资助，包括来自Mark基金会的ASPIRE奖、美国国家癌症研究所的R21 CA251923奖以及美国国防部的W81XWH-22-1-0021概念奖。这些资助和利益关系需要在研究中进行适当的披露，以确保研究的透明性和公正性。

在研究的致谢部分，科学家们感谢了Giannoula Karagouga的贡献，尽管她不幸在研究完成前去世。此外，研究团队还提到，图1中使用的一些插图获得了BioRender.com的许可。这些致谢表明，研究团队在进行研究过程中得到了同事和合作伙伴的支持，同时也对相关资源的提供者表示了感谢。

最后，研究团队提供了相关术语的定义，以帮助读者更好地理解研究内容。例如，cfDNA指的是循环细胞游离DNA，Ct指的是循环阈值，ctDNA指的是循环肿瘤DNA，DOO指的是因其他原因死亡，DOU指的是因未知原因死亡，ESGO/ESTRO/ESP指的是欧洲妇科肿瘤学会/欧洲放射肿瘤学会/欧洲病理学会，FIGO指的是国际妇产科联合会，IQR指的是四分位距，IRB指的是机构审查委员会，LVSI指的是淋巴管血管空间侵犯，MRD指的是最小残留病灶，NA指的是不适用，N/A指的是不可用，NCCN指的是国家综合癌症网络，ND则没有具体定义。

综上所述，这项研究为个性化ctDNA检测方法在高风险子宫内膜癌中的应用提供了重要的证据。通过这种方法，科学家们能够更早地发现癌症的复发，从而为患者的治疗决策提供更可靠的信息。此外，该方法还能够提高检测的敏感性和准确性，避免与克隆性造血相关的假阳性结果。这些发现不仅对子宫内膜癌的治疗和监测具有重要意义，也为其他类型的癌症研究提供了新的思路和方法。未来，研究团队希望进一步验证该方法的临床有效性，并推动其在更大规模的临床试验中应用，以确保其在实际医疗中的可行性和可靠性。