利用全基因组关联分析方法鉴定与普通菜豆（Phaseolus vulgaris L.）抗BCMV（菜豆病毒）性状相关的SNP（单核苷酸多态性）和基因组区域

《Plant Molecular Biology Reporter》：Identification of SNPs and Genomic Regions Linked to BCMV Resistance in Common Bean (Phaseolus vulgaris L.) Using Genome-Wide Association Analysis

本研究利用全基因组关联分析定位常见豆对BCMV的抗性SNP位点及QTLs，发现主要QTLs位于Pv03、Pv04、Pv06和Pv08染色体，并与Co-4基因重叠的SNP有望用于培育抗病品种。

　　

摘要

在喜马拉雅山脉西北部，普通豆（Phaseolus vulgaris L.）是一种重要的豆类作物。该作物的产量受到许多疾病和害虫的严重影响。其中一种疾病是由普通豆花叶病毒（BCMV）引起的豆花叶病。这种病原体几乎存在于所有种植豆类的地区，从而导致严重的作物损失。由于缺乏关于控制BCMV抗性的数量性状位点（QTLs）的信息，本研究旨在利用全基因组关联分析（GWAS）来鉴定普通豆中与BCMV抗性相关的SNPs和候选基因。通过亲缘关系矩阵和PCA分析，将基因型分为两大主要类型：安第斯型和中美洲型，并且在每个基因库内部还存在明显的亚群。在1.0 Mb的距离范围内观察到了连锁衰减现象，这对于使用较少的标记来识别显著性状关联具有实际意义。GWAS在Pv03、Pv04、Pv06和Pv08染色体以及支架13上鉴定出了显著的SNPs。在所有试验环境中，都一致检测到了位于Pv03、Pv04、Pv06和Pv08染色体上的显著QTLs。我们发现许多SNPs与Co-4基因重叠，这一发现对于培育该地区耐炭疽病的品种具有积极意义。需要将鉴定出的BCMV抗性来源作为杂交育种的亲本，以培育出抗BCMV的品种。