一种采用双重验证机制的3D nnU-Net框架,结合统一的预处理方法,用于在PET/CT图像中实现鲁棒的DLBCL(弥漫性淋巴细胞瘤)分割
《Machine Learning with Applications》:A Dual-Validation 3D nnU-Net Framework with Harmonized Preprocessing for Robust DLBCL Segamentation in PET/CT Images
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时间:2025年11月04日
来源:Machine Learning with Applications 4.9
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DLBCL肿瘤的3D自动分割研究:nnU-Net模型在PET/CT图像中实现高精度肿瘤边界分割(Dice 0.85,IoU 0.75),并验证TMTV与SUVmax的代谢评估一致性,提出双验证策略和标准化预处理流程。
这篇研究聚焦于一种新的深度学习模型,用于从18F-FDG PET/CT图像中自动分割弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)病灶。DLBCL是非霍奇金淋巴瘤(NHL)中最常见的亚型之一,其特点是淋巴结、脾脏、骨髓或其他器官中的异常B细胞。传统上,DLBCL的病灶分割依赖于放射科医生的手动勾画,这一过程不仅耗时,而且主观性强,容易受到不同观察者之间的差异影响。因此,开发一种高效且准确的自动分割方法,对于提高诊断效率、优化治疗方案以及实现疾病监测具有重要意义。
研究人员采用了一种名为3D nn-UNet的深度学习模型,经过训练和评估,该模型在多个关键的分割指标上表现出色,包括Dice相似性系数(DSC)达到0.85,交并比(IoU)为0.75,敏感度为88.3%,特异性为95.7%,准确率为97.1%。这些指标反映了模型在识别病灶边界、减少误判和保持高精度方面的卓越表现。为了确保模型的临床有效性,研究还计算了总代谢肿瘤体积(TMTV),并使用Bland-Altman分析和线性回归验证了预测值与实际值之间的强一致性。这些分析结果表明,该模型在临床应用中具有较高的可靠性。
为了提升模型的性能,研究团队引入了一种统一的预处理流程,包括标准化摄取值(SUV)归一化、各向同性重采样至1×1×1 mm3的体素尺寸、CT强度裁剪、高斯去噪以及标准化的3D图像块提取。这些步骤共同减少了数据采集的异质性,稳定了体积评估的指标。此外,研究还采用了双验证策略,将几何重叠指标(如DSC和IoU)与临床相关的体积和代谢评估(如TMTV和SUVmax)相结合,从而确保模型在实际临床环境中的适用性。
模型的训练基于Python 3.11环境,并利用了Nvidia A100 GPU的强大计算能力。训练过程采用基于图像块的方法,批次大小为32,图像块的尺寸为(2×96×256×96)(通道×深度×高度×宽度),对应于双通道PET/CT输入。模型输出的分割概率图保持相同的空间维度,用于二分类任务时,输出张量的形状为(32×2×96×256×96)(批次×输出通道×深度×高度×宽度)。为了优化学习过程,研究采用了自适应学习率调度器,并使用Adam优化器进行训练,总共进行了150个训练周期,同时引入了早停机制以防止过拟合。
在数据增强方面,研究应用了概率性增强策略,包括旋转(±20°)、平移(±5像素)、翻转和缩放(0.9-1.1)。这些增强方法模拟了患者解剖结构和采集协议的差异,有助于提高模型的泛化能力。为了确保分割结果的准确性,研究人员手动勾画了病灶的掩膜,并由两位经验丰富的核医学医生和一名放射科医生进行验证。这些掩膜被重采样以匹配PET/CT的体素间距,并采用最近邻插值方法,以保持边界完整性,避免标签平滑带来的误差。
数据集被划分为训练集(80%,共174例)和独立测试集(20%,共43例)。所有数据在分析前均进行了完全匿名化处理。根据Razavi医院的政策,使用匿名数据的回顾性研究无需正式的伦理审批和知情同意。模型的训练和评估通过5折交叉验证进一步增强其稳定性和泛化能力,确保了在不同患者群体中的表现一致性。
为了验证模型的分割性能,研究计算了预测掩膜和真实掩膜之间的TMTV,并使用Bland-Altman分析和回归分析进行评估。结果显示,预测值与真实值之间的平均绝对差异为5.6±6.1 mL,超过95%的数据点落在Bland-Altman的限值范围内(-200.1 mL至+186.7 mL),表明模型在体积评估方面具有良好的一致性。此外,Pearson相关系数为0.9,表明预测TMTV与真实TMTV之间存在强线性关系,进一步支持了模型的体积评估能力。
研究还通过可视化方法展示了DSC和IoU的分布情况,其中箱线图显示了这些指标在测试集中的分布趋势。高中位数和窄的四分位距表明模型在分割任务中表现稳健,而少数低IoU的异常值主要与低对比度或弥漫性病灶相关,这些情况在医学图像分割研究中并不罕见。这些异常值并未影响整体的中位数IoU(0.75)和Dice系数(0.85),说明模型在大多数临床场景中保持了良好的性能。
在临床验证方面,研究特别强调了TMTV作为淋巴瘤管理中的关键预后因素。模型在小病灶(约3 mL)和大病灶(约781 mL)之间均表现出色,表明其在不同疾病负担下的适用性。这种广泛的适用性使得该模型在实际临床环境中具有重要的应用潜力,包括疾病分期、治疗计划制定和治疗反应监测等。
尽管研究取得了显著成果,但模型仍存在一些局限性。例如,研究数据来源于单一中心,样本量相对较小,这可能影响模型的推广性。未来的研究应着眼于更大规模、多中心的数据集,以验证模型的泛化能力。此外,模型在处理低对比度或形态不规则的病灶时仍面临挑战,这可能影响其在某些复杂病例中的表现。因此,进一步优化预处理流程和增强模型的鲁棒性,以适应不同的扫描协议和重建参数,将是未来的重要研究方向。
研究还指出,未来的工作可以探索将临床元数据(如分子亚型、治疗历史)整合到模型中,以实现个性化分割的优化。同时,研究可以进一步开发不确定性量化机制,以标记那些需要专家复核的复杂病例。此外,将该框架扩展到其他淋巴瘤亚型,并将其应用于纵向治疗反应评估,也是值得进一步研究的方向。
总之,这项研究提出了一种全面的DLBCL分割框架,成功地弥合了技术创新与临床相关性的差距。通过统一的预处理流程和双验证策略,该模型不仅在技术上表现优异,而且在临床应用中具有重要价值。其双验证方法为医学图像分割研究设立了新的标准,强调了在传统性能指标之外,临床相关端点的重要性。随着多中心验证的进一步开展,这种自动分割工具有望成为淋巴瘤量化评估的重要工具,支持精准医学在肿瘤学中的应用,从而提高患者的治疗效果和预后。
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