OpenSpec技术能够检测由Orbitrap Astral质谱仪生成的蛋白质组数据中出现的意外修改

《Analytical Chemistry》：OpenSpec Enables Detecting Unexpected Modifications from Proteomics Data Generated by Orbitrap Astral Mass Spectrometer

质谱数据解析：OpenSpec工作流程通过Transformer模型将Orbitrap Astral的DIA数据转换为伪MS/MS谱，实现开放搜索策略，有效检测生物化学系统中新型意外修饰。

　　

Orbitrap Astral质谱仪具有出色的速度、分辨率和灵敏度，这使得数据独立采集（DIA）成为鸟枪法蛋白质组学中深度分析的首选方法。然而，对于Orbitrap Astral质谱仪生成的数据，现有的搜索引擎无法检测到生物学和化学系统中出现的新型修饰。为此，我们开发了OpenSpec——一个专门用于从Astral-DIA数据集中全面识别这些新型修饰的计算工作流程。该工作流程采用了基于Transformer的前体-碎片分组模型来解卷积DIA数据，生成类似DDA的伪MS/MS谱图，从而实现对Astral-DIA数据的基于DDA的开放搜索策略。我们通过使用模拟多种修饰模式的合成肽进行基准测试，并通过对比相同样本上DIA和DDA采集模式的结果来评估OpenSpec的性能。我们还研究了在不同样品预处理条件下半胱氨酸的修饰情况。OpenSpec可在GitHub上下载：https://github.com/BUAA-LiuLab/OpenSpec.git。