从肿瘤转录组推断种系药物基因组学

《Pharmacogenetics and Genomics》：Inferring germline pharmacogenomics from tumor transcriptome

儿科急性淋巴细胞白血病（ALL）治疗中使用全转录组测序（WTS）推断遗传药理学基因型的可行性研究。通过对650名患者WTS与WGS及临床检测结果的比较，发现WTS能准确推断TPMT、NUDT15和G6PD基因型，其中83.8%患者获得TPMT/NUDT15双嵌合体信息，367名男性患者G6PD基因型准确率达100%，三基因WTS与WGS一致性超过99%。

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摘要 通俗语言总结

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目标

药物基因组学检测正迅速成为治疗儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）的标准方法。通过诊断肿瘤样本的全转录组测序（WTS）可以对ALL进行风险分类。我们评估了从肿瘤转录组中推断出种系药物基因组型型的可行性。

方法

转录组和配对的肿瘤-种系基因组测序数据来自圣裘德儿童研究医院的临床检测。使用基于规则的算法从转录组数据中确定了用于儿童ALL治疗的药物相关基因（TPMT、NUDT15和G6PD）的基因型。将WTS得到的基因型结果与全基因组测序（WGS）和临床基因分型检测得到的基因型结果进行了比较。

结果

在650名ALL患者中，36名（5.5%）患者的6号、13号或X染色体上存在体细胞拷贝数丢失，这些染色体上分别位于TPMT、NUDT15和G6PD基因。对于其余的614名患者，WTS在545名患者（83.8%）中确定了硫嘌呤的剂量指导信息。对于G6PD基因，367名男性患者的基因分型结果准确无误。我们观察到所有三个基因的肿瘤WTS基因型与种系WGS基因型之间的符合度均超过99%。

结论

白血病转录组可以用于为儿童ALL治疗中可应用的特定种系药物基因提供准确的基因分型结果。

通俗语言总结本研究探讨了利用肿瘤样本的全转录组测序（WTS）来推断儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）患者的种系药物基因组型。圣裘德儿童研究医院的研究人员将WTS得到的基因型结果与全基因组测序（WGS）和临床检测结果进行了比较。在650名患者中，WTS在545名患者（83.8%）中确定了硫嘌呤的剂量指导信息。对于G6PD基因，367名男性患者的基因分型结果准确无误。研究发现WTS与WGS的结果之间的一致性超过99%，表明白血病转录组可以用于为儿童ALL治疗中可应用的特定种系药物基因提供准确的基因分型结果。

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