一种与现有病毒相似度较低的新病毒物种的鉴定与基因组分析

《Environmental Microbiology》：Identification and Genomic Analysis of a New Viral Species With Low Similarity to Existing Viruses

本研究成功分离出感染经济价值海洋病原菌Pseudoalteromonas shioyasakiensis的新型噬菌体vB_PshM_Y4，通过与NCBI及IMG/VR数据库中超过1500万份病毒基因组比对，发现其无近缘相关序列，揭示传统分离法在宏基因组时代识别稀有低丰度病毒的重要性。

　　

摘要

病毒是地球上最丰富和多样的生物实体之一。在过去的几十年里，宏基因组测序技术已经揭示了数千种病毒的基因组。然而，由于病毒丰度较低等原因（1, 2），传统的病毒分离方法对于发现那些被宏基因组测序遗漏的病毒仍然不可或缺。本研究分离出一种名为vB_PshM_Y4的新噬菌体，该噬菌体能够感染经济上重要的海洋机会性病原体Pseudoalteromonas shioyasakiensis。将vB_PshM_Y4与NCBI和IMG/VR v4数据集中的超过1500万个病毒基因组（包括可培养和不可培养的病毒）进行比较后，未发现与其密切相关的基因组。这一研究表明，传统的病毒分离方法能够检测到宏基因组测序无法识别的病毒。此外，将NCBI数据库中保存的病毒分离株与IMG/VR病毒数据库中的不可培养病毒进行比较后发现，只有大约一半的分离株可以通过宏基因组方法被检测到。值得注意的是，那些无法通过宏基因组测序检测到的病毒通常具有较低的丰度并且拥有独特的基因组。这些结果表明，在宏基因组时代，传统的病毒分离方法对于获取稀有、低丰度的病毒仍然具有重要意义。

图形摘要

本研究分离出一种具有独特基因组且丰度较低的噬菌体，其与任何已知的病毒分离株及不可培养病毒的相似度都很低。比较分析表明，传统的实验分离方法在识别独特和稀有病毒方面比宏基因组检测更具优势。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。