利用集成虚拟筛选、分子动力学和MMGBSA方法研究Malabaricone C与Quercetagetin对异常表达的母体胚胎亮氨酸拉链激酶（Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase）的抑制作用

《In Silico Pharmacology》：Inhibitory potential of Malabaricone C and Quercetagetin against aberrantly expressed Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase using integrated virtual screening, molecular dynamics and MMGBSA approach

该研究通过分析7组微阵列数据，鉴定出433个差异表达基因，并利用Cytoscape和Schr?dinger软件筛选出MELK为关键靶点，发现植物化合物Malabaricone C和Quercetagetin对MELK抑制具有潜力，为HCC治疗提供新策略。

　　

摘要

每年，肝细胞癌在全球范围内导致905,677例新病例和约830,180例死亡。这种致命的肿瘤是原发性肝癌中最具侵袭性和多因素导致的类型之一。每年病例和死亡人数的增加是由于诊断系统不完善，导致肿瘤在晚期才被发现，从而影响了治疗效果。因此，本研究的目的是识别与肝细胞癌相关的生物标志物及其相应的植物来源的小分子抑制剂。通过GeneSpring软件，对七个微阵列数据集（GSE101685、GSE112790、GSE84402、GSE62232、GSE45436、GSE33006和GSE6222）进行了荟萃分析，这些数据集包含了443个肝细胞癌肿瘤样本和正常肝脏样本。分析结果共得到433个差异表达基因（DEGs），其中117个基因上调，316个基因下调。这些基因通过Enrichr网络服务器进行了功能注释、通路富集和基因-疾病关联分析。随后利用Cytoscape软件识别出前10个关键节点，发现MELK是其中最常相互作用的节点，因此被确定为潜在的抗肝细胞癌靶点。最后，使用Schr?dinger软件进行了分子对接、分子动力学模拟和MMGBSA分析，以评估从NPASS数据库中筛选出的植物来源小分子对MELK靶点的抑制效果。研究结果表明，Malabaricone C和Quercetagetin这两种植物化合物与MELK靶点具有稳定的相互作用和较高的结合亲和力。因此，本研究认为Malabaricone C和Quercetagetin是有前景的MELK抑制剂，适用于MELK表达水平升高的肝细胞癌患者。此外，该研究为MELK相关靶向治疗奠定了计算基础，并为这些植物化学物质的临床药物开发应用提供了必要的分子验证。