来自水稻根际的不动杆菌属物种的基因组特征分析：一种潜在的促进植物生长的根际细菌（PGPR）

《Current Genetics》：Genome characterization of Acinetobacter species from the rice rhizosphere: a potential plant growth promoting rhizobacteria (PGPR)

水稻根际微生物促生机制研究。通过分离鉴定获得阿克曼氏菌 DJPGP01 基因组，完成3.2Mb高质量组装，发现其具有氮磷吸收及抗逆相关基因，并鉴定出5个次级代谢产物基因簇。

　　

摘要

水稻根际中的植物-微生物相互作用对作物生产力起着关键作用。鲍曼不动杆菌属（Acinetobacter）以其促进植物生长的能力而闻名，这些能力包括刺激植物生长、溶解磷酸盐以及产生铁载体（siderophores）。在这项研究中，我们从水稻根际土壤中分离出了细菌菌株Acinetobacter lwoffii DJPGP01，并对其进行了全面的基因组测序与分析。研究方法包括细菌的分离（通过系列稀释法）、基因组DNA的纯化以及Illumina测序技术，随后对全基因组数据进行了分析。基因组组装使用了多种组装工具，并通过PROKKA和RAST进行了注释；途径分析则借助了KEGG-KAAS服务器完成。基因组组装得到了一个高质量的序列，长度为3.2 Mb，覆盖度较高，GC含量为43.06%。基于16S rRNA的分析，该菌株被鉴定为Acinetobacter lwoffii，与Acinetobacter lwoffii DSM 2403菌株具有密切亲缘关系。Antismash分析发现了五个可能与促进植物生长相关的次级代谢物基因簇。比较基因组分析有助于了解Acinetobacter lwoffii DJPGP01在其属内的系统发育位置，根据数字DNA-DNA杂交（DDH）结果，它与Acinetobacter lwoffii NCTC 5866菌株关系密切。基因组数据突显了Acinetobacter lwoffii作为促进植物生长菌株的潜力，特别指出了参与氮同化、磷酸盐吸收和应激响应机制的特定基因。本研究有助于我们更好地理解鲍曼不动杆菌在农业环境中的作用，为提高作物抗逆性和生产力提供了策略建议。

水稻根际中的植物-微生物相互作用对作物生产力具有至关重要的作用。鲍曼不动杆菌属（Acinetobacter）以其促进植物生长的能力而著称，这些能力包括刺激植物生长、溶解磷酸盐以及产生铁载体（siderophores）。在这项研究中，我们从水稻根际土壤中分离出了细菌菌株Acinetobacter lwoffii DJPGP01，并对其进行了全面的基因组测序与分析。研究方法包括细菌的分离（通过系列稀释法）、基因组DNA的纯化以及Illumina测序技术，随后对全基因组数据进行了分析。基因组组装使用了多种组装工具，并通过PROKKA和RAST进行了注释；途径分析则借助了KEGG-KAAS服务器完成。基因组组装得到了一个高质量的序列，长度为3.2 Mb，覆盖度较高，GC含量为43.06%。基于16S rRNA的分析，该菌株被鉴定为Acinetobacter lwoffii，与Acinetobacter lwoffii DSM 2403菌株具有密切亲缘关系。Antismash分析发现了五个可能与促进植物生长相关的次级代谢物基因簇。比较基因组分析有助于了解Acinetobacter lwoffii DJPGP01在其属内的系统发育位置，根据数字DNA-DNA杂交（DDH）结果，它与Acinetobacter lwoffii NCTC 5866菌株关系密切。基因组数据突显了Acinetobacter lwoffii作为促进植物生长菌株的潜力，特别指出了参与氮同化、磷酸盐吸收和应激响应机制的特定基因。本研究有助于我们更好地理解鲍曼不动杆菌在农业环境中的作用，为提高作物抗逆性和生产力提供了策略建议。