耐万古霉素粪肠球菌的基因组监测：关于耐药基因组（Resistome）、质粒组（Plasmidome）和移动基因组（Mobilome）的分析研究

《Current Genetics》：Genomic surveillance of vancomycin-resistant Enterococcus faecium: a study on Resistome, Plasmidome, and mobilome profiling

耐甲氧西林肠球菌（VRE）是重要院内病原体，本研究对印度2017-2021年63株VRE肠球菌进行基因组分析，发现其携带vanHAX、ermB等多重耐药基因及pRE25等质粒，存在IS3、Tn1546等插入序列和转座子，并检测到GyrA、PBP5等基因的耐药突变及三个新致病性氨基酸替换。

　　

摘要

耐万古霉素的肠球菌（VRE）是重要的院内病原体，由于抗生素耐药性的增加，被世界卫生组织（WHO）列为高优先级威胁。其中，耐万古霉素的粪肠球菌（VREfm）构成了重大的临床挑战，这种菌株在医疗相关感染中频繁出现，并且对多种抗生素具有耐药性。本研究对2017年1月至2021年12月期间从印度公共数据库中获得的63株粪肠球菌（E. faecium）进行了基因组监测分析。这些菌株被确认为VREfm，有助于了解与该菌株相关的关键耐药基因和突变。基因组分析发现多种质粒复制子，如pRE25、pRUM和pIP501，它们经常在同一菌株中共存，表明存在活跃的水平基因转移现象。研究还发现了多种抗菌耐药基因，如vanHAX、ermB、optrA和blaOXA-232，以及插入序列（IS3、ISL3、IS256）、整合子和转座子（Tn1546、Tn917）。在每株菌株中都检测到了与氟喹诺酮类和β-内酰胺类抗生素相关的GyrA、ParC和PBP5蛋白的突变。在与达托霉素耐药性相关的基因（liaR-W73C、liaS-T120A、cls-T298S和rpoB-RpoB-S491F）的编码蛋白中，发现了氨基酸替换现象。此外，在cls-R424S、RpoB-M475V和RpoC-T634K中观察到了三种新的有害氨基酸替换，这些基因分别由cls、rpoB和rpoC编码，可能会影响蛋白质的功能。总体而言，这项基因组调查为探索E. faecium的耐药性演变和基因移动性提供了研究框架。