凝乳酶是从未断奶动物（如小牛、羊或山羊）的第四个胃腔（皱胃）中提取的酶制剂。它主要含有两种酸性蛋白酶：凝乳酶（EC 3.4.23.4）和胃蛋白酶（EC 3.4.23.1）（Moschopoulou, 2011）。凝乳酶的等电点为pH 4.6–4.7，分子量为35.6 kDa（Fox & McSweeney, 1997）。凝乳酶的最佳乳凝固活性（MCA）pH值约为5.5，在40–42°C时活性最高。温度低于20°C时酶活性较弱，高于65°C时酶会完全失活（Troch et al., 2017）。当温度超过55°C时，凝乳酶会不可逆地失活（Addis et al., 2008, Moschopoulou, 2011）。
传统上，人们采用特定地区的方法从未断奶小牛的皱胃远端提取凝乳酶，但目前这种做法仅限于土耳其的某些地区（Hayalo?lu et al., 2002）。传统凝乳酶的质量受皱胃的盐处理和干燥工艺的影响。尽管有许多研究探讨了传统凝乳酶的特性，但很少有研究关注其实际制备过程。商业上，凝乳酶有液体、粉末或膏状等多种形式，其生产来源包括骆驼、兔子、鱿鱼、驯鹿、水牛和鲶鱼等（Liu et al., 2021）。传统液体凝乳酶中凝乳酶和胃蛋白酶的相对比例受屠宰动物的种类、年龄和饮食的影响（Jacob et al., 2011）。
在地中海国家，特别是来自小型反刍动物的凝乳酶被广泛用于手工奶酪的生产，因为它通过蛋白水解和风味形成赋予奶酪独特的感官和质地特征（Addis et al., 2008, Ferrandini et al., 2011）。然而，传统液体凝乳酶存在诸多问题，如较高的微生物负荷和较低的乳凝固活性，这主要是由于原材料质量差以及生产和储存条件不卫生（Calvo & Fontecha, 2004; Gürses & ?akmak??, 2009; Jacob et al., 2011; Moschopoulou, 2011; Cantürk & ?akmak??, 2019）。传统液体凝乳酶的制备过程包括清洗皱胃，用盐、醋或盐水处理，然后在适宜条件下使其成熟。在此过程中，前体酶（如前凝乳酶）转化为活性形式（如凝乳酶），从而实现乳凝固。制备方法因盐处理时间、盐浓度、干燥技术（如日晒干燥、阴干或低温干燥）和提取条件而异（Moschopoulou et al., 2007）。然而，关于传统液体凝乳酶制备过程及其微生物动态的详细研究仍然较少。
以往的研究主要集中在凝乳酶的工艺性能和微生物特性上，而对皱胃的微生物生态及其在凝乳酶制备中的作用关注不足。迄今为止，尚无研究采用宏基因组方法来分析皱胃的微生物多样性。本研究旨在填补这一知识空白，提供羊皱胃的首个宏基因组谱型，为凝乳酶制备的微生物层面提供新的见解。具体而言，本研究分析了皱胃的基因组组成，评估了不同干燥方法（日晒干燥和烘箱干燥）以及通过开菲尔富集对微生物的影响，并探讨了从低程度干燥的皱胃中提取酶的方法。使用宏基因组技术分析了不同方法制备的凝乳酶的微生物群落，并在制备过程中（第0天、第4天、第7天、第10天、第14天、第21天、第25天、第30天和第45天）监测了其微生物和化学特性。
