ProteomeXchange联盟2026：推动蛋白质组学数据迈向FAIR化新纪元

本文推荐了ProteomeXchange（PX）联盟在2023-2025年的重要进展。针对蛋白质组学数据共享标准化需求，研究人员系统报道了该联盟六大资源库的数据提交规模（截至2025年6月达64,330数据集）、对PSI标准（如USI、SDRF-Proteomics）的增强支持，以及数据重用生态（如AI模型训练、多组学整合）。该工作为大规模蛋白质组数据FAIR化管理提供了关键基础设施，显著促进生物医学发现。

　　

随着质谱技术的飞速发展，蛋白质组学已成为生命科学和医学研究的核心驱动力。然而，海量数据的高效管理、标准化共享与深度挖掘一直是领域面临的严峻挑战。自2012年成立以来，ProteomeXchange（PX）联盟作为全球蛋白质组学数据资源的协调组织，致力于建立统一的数据提交与传播标准，推动数据FAIR（可查找、可访问、可互操作、可重用）化进程。2025年发表于《Nucleic Acids Research》的更新论文，系统展示了该联盟在过去三年的关键进展与未来规划。

为全面评估PX联盟的发展态势，研究团队整合了六大成员资源（PRIDE、MassIVE、jPOST、iProX、Panorama Public、PeptideAtlas/PASSEL）的运营数据，采用标准化统计方法追踪数据集增长趋势、物种与仪器分布。通过升级ProteomeCentral门户的API接口，实现了跨资源数据集的高级检索与元数据交互。同时，联盟持续推进蛋白质组学标准倡议（Proteomics Standards Initiative, PSI）制定格式（如mzML、mzIdentML、mzTab）的落地，并重点强化了通用谱图标识符（Universal Spectrum Identifier, USI）和样本数据关系格式（SDRF-Proteomics）的支持力度。在数据重用方面，团队部署了大规模重分析流程（如quantms、MassIVE.quant），并联合AI社区构建了专用训练数据集（如ProteomicsML）。

数据提交规模持续高速增长

截至2025年6月，PX资源累计接收数据集64,330个，其中近三年提交量占比高达47%（30,097个），2024年单年提交量突破10,686个。物种覆盖方面，人类样本居首，其次为小鼠、拟南芥等模式生物。质谱仪器以Thermo Scientific系列为主导。数据地理来源遍及80余国，美、德、中、英、法为前五大提交国。

技术标准支持与生态系统完善

联盟资源全面适配PSI标准格式，其中USI实现了跨资源谱图可视化互通，通过ProteomeCentral USI服务可调用Lorikeet或Quetzal等谱图查看器。SDRF-Proteomics的采用率显著提升，工具链（如lesSDRF、MaxQuant集成）日益成熟。jPOST团队更创新性推出JPDM（Journal of Proteome Data and Methods）数据期刊，以SDRF表格为核心辅助材料，激励研究者完善元数据标注。

数据重用活动呈现多元化趋势

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  序列与翻译后修饰（PTM）资源构建：PeptideAtlas牵头完成人类蛋白质组93.6%的蛋白存在性验证，并系统重分析了水稻、疟原虫等物种的磷酸化数据，通过PTMeXchange项目向UniProtKB输送高质量PTM证据。
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  定量数据重分析平台：MassIVE.quant采用分支结构存储原始数据、分析脚本及中间结果，支持可重复定量分析；quantms项目整合超29,000个原始文件，构建了跨组织、细胞系的血浆蛋白基线表达图谱。
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  蛋白质基因组与多组学整合：通过重分析免疫肽组数据验证非经典开放阅读框（ncORF）翻译事件；OmicsDI平台实现了PX数据集与基因组、转录组资源的跨组学关联。
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  AI模型训练基础设施：MassIVE-KB谱图库涵盖59亿肽段参考谱，支撑了碎片预测（MS2PIP）、de novo测序等算法开发；ProteomicsML提供标准化数据集促进机器学习应用。

成员资源特色功能升级

PRIDE引入基于大语言模型的客服聊天机器人，并启动“亲和蛋白质组学”板块支持非质谱数据；iProX发布本地化提交工具iProXplorer；Panorama Public持续优化靶向蛋白质组可视化。

研究表明，ProteomeXchange联盟通过标准化管道与协同创新，显著提升了蛋白质组学数据的可及性与重用价值。未来，联盟将重点拓展受控访问数据（如人类敏感样本）的支持能力，并探索非质谱技术的整合框架。这些举措有望进一步打通蛋白质组学与临床医学、AI驱动的发现闭环，为精准医学提供底层数据支撑。