通过台湾生物银行的大规模人群研究，发现了与α-胎蛋白相关的基因组区域

《Human Molecular Genetics》：Genomic regions associated with alpha-fetoproteins identified through a population-scale study in the Taiwan biobank

血清AFP水平与台湾人群全基因组关联研究（GWAS）及肝组织表达定量性状位点（eQTL）分析发现57个候选基因分布于2、3、4、15、17、22号染色体，其中SMC6、SENP7、TP53BP1等基因通过肝特异性调控机制影响AFP表达，为肝细胞癌（HCC）的分子诊断和靶向治疗提供新线索。

　　

摘要

甲胎蛋白（AFP）是一种胎儿血浆蛋白，作为肝细胞癌（HCC）和生殖细胞肿瘤的诊断标志物。先前的全基因组关联研究（GWAS）发现AFP和PPIP5K1与AFP水平相关。本研究的目的是在台湾人群中识别与血清AFP水平相关的新遗传位点，并通过结合GWAS和表达数量性状位点（eQTL）分析，阐明这些位点在肝脏组织中的潜在调控机制。我们利用台湾生物银行的参与者进行了两阶段GWAS分析。发现队列包括18,267名个体，研究结果在另一个包含21,994名个体的独立样本中得到了验证。我们使用线性混合模型来评估全基因组关联，并通过主成分分析调整了年龄、性别和人群结构的影响。对基因分型和推断的SNP都采取了质量控制措施。为了探讨功能意义，我们利用公开可用的肝脏组织数据进行了eQTL分析，重点关注肝脏特异性的调控效应。我们在2号、3号、4号、15号、17号和22号染色体的10个基因组区域中识别出了57个候选基因。例如，SMC6、SENP7和TP53BP1等基因中的SNP与AFP水平显示出显著关联，揭示了之前未报道的遗传变异。eQTL分析表明，这些基因中有55个在肝脏组织中具有调控功能，进一步支持了它们在AFP表达中的作用。我们的研究结果结合了GWAS和eQTL方法，增进了对AFP遗传性的理解，并为HCC的诊断和治疗提供了潜在的思路，但还需在个性化医疗背景下进行进一步验证。