综述：连接基因组学：以边缘优先的空间生物学

《TRENDS IN Biotechnology》：Connectogenomics: edges-first spatial biology

空间组学通过坐标映射和连接测量实现细胞类型与空间信息的整合，提出连接基因组学（connectogenomics）框架，利用直接测量的物理连接验证坐标推断，构建包含四层互补结构和反馈循环的系统，应用于癌症免疫治疗、发育生物学及池化遗传筛选。

　　

亮点

空间组学包括两个互补的研究方向：以坐标为中心的研究平台和以连接性为中心的研究平台。

摘要

空间组学能够同时绘制细胞类型和空间分布图。现有的方法主要分为两类：一类是确定细胞的具体位置（即坐标），另一类是测量彼此接触或距离较近的细胞之间的连接关系。我们提出了“连接组学”（Connectogenomics）这一术语，将其作为涵盖这类直接记录细胞间连接关系的测序技术的总称。通过将细胞坐标与实际测量到的连接信息结合起来，我们可以验证这些细胞是否真正存在相互作用，并将网络特征（如连接密度或枢纽中心性）转化为可量化的数据。我们构建了一个包含四个互补层次和反馈循环的框架：直接测量的分子连接关系可以验证基于坐标的分析结果，而坐标图则有助于确定哪些连接关系需要优先进行测量。我们在癌症免疫治疗、细胞发育研究以及大规模基因筛选等领域展示了这一方法的应用。