应对土壤中具有抗药性的活跃细菌

《TRENDS IN Microbiology》：Tackling the active antibiotic-resistant bacteria in soils

土壤抗生素耐药基因（ARGs）的来源、迁移及风险评估与缓解策略。采用高通量DNA技术和单细胞功能技术，提出分层风险评估框架和多屏障生态修复策略，以降低ARG在陆地生态系统中的传播风险。

　　

重点内容

土壤中的抗生素抗性基因（ARGs）来源于多种人为因素，并经历复杂的生态和进化过程，这些过程决定了它们在陆地生态系统中的持续存在性和迁移能力。

先进的监测策略结合了高通量DNA检测技术和单细胞功能分析方法，能够精确地分析土壤样本中总抗生素抗性基因和活性抗生素抗性基因的分布情况。

提出了一种分层风险评估框架，该框架综合考虑了抗生素抗性基因的迁移性、宿主病原性以及人类接触风险，以支持“同一健康”（One Health）背景下的决策制定。

多重屏障缓解策略——包括源头控制和生态生物修复——提供了可扩展且协同作用的方法，以降低土壤中抗生素抗性基因传播的风险。

摘要

土壤是抗生素抗性基因（ARGs）和抗生素抗性细菌（ARBs）的重要储存库，它们充当了人类、动物、植物和环境微生物组之间的桥梁。尽管已有许多研究对土壤中的抗生素抗性基因进行了分析，但大多数研究依赖于基于DNA的方法，这些方法无法区分总抗生素抗性基因和具有代谢活性的抗生素抗性细菌，从而限制了风险评估和缓解措施的效果。本文概述了土壤中抗生素抗性基因的来源、它们的迁移性及其向植物和食物链的潜在传播途径。我们重点介绍了在群体和单细胞水平上用于表征活性抗生素抗性细菌的方法，并探讨了诸如先进废物处理和生物修复等新兴的缓解策略。本文旨在弥合抗生素抗性基因污染与其风险缓解之间的差距，为解决土壤中活性抗生素抗性细菌问题提供全面的框架。