克罗恩病与银屑病之间共享的基因特征及潜在分子机制的探索

《Clinical Rheumatology》：Exploration of the shared gene signatures and potential molecular mechanisms between Crohn’s disease and psoriasis

本研究通过整合GEO数据库的转录组数据，揭示克罗恩病与银屑病共有的IL-17信号通路及分泌颗粒相关分子标记，筛选出CLDN8、APOL1、TCN1三个核心基因，并发现其与免疫细胞浸润谱系相关，为共病机制及靶向治疗提供依据。

　　

摘要

目的

克罗恩病（CD）和银屑病都是慢性炎症性疾病。然而，其确切的分子相互作用机制尚未完全阐明。本研究旨在识别这两种疾病共有的分子标记和功能通路，并探讨它们与免疫浸润之间的关联。

方法

我们分析了基因表达组（GEO）数据库中的微阵列数据集（GSE30999、GSE186582），以识别差异表达基因（DEGs）。通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）构建共表达模块，随后进行GO和KEGG富集分析。利用支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）方法筛选出枢纽基因，并在独立数据集（GSE14905、GSE112366）中验证这些基因。免疫浸润情况通过CIBERSORT方法进行评估。

结果

我们在克罗恩病中发现了1540个差异表达基因，在银屑病中发现了1157个差异表达基因，其中有234个基因在IL-17信号通路（KEGG）和分泌颗粒/细胞质囊泡腔（GO-CC）中富集；这些细胞结构对于IL-17信号通路下游促炎细胞因子的产生和释放至关重要。SVM-RFE筛选出三个枢纽基因（CLDN8、APOL1、TCN1），并在独立数据集中得到了验证。在克罗恩病中，APOL1/TCN1与中性粒细胞呈正相关，与M2巨噬细胞呈负相关；而在银屑病中，APOL1/TCN1与活化CD4记忆T细胞呈正相关，与静息肥大细胞呈负相关，CLDN8的情况则相反。

结论

本研究阐明了克罗恩病和银屑病之间的共有表达标记和功能通路。这些发现为共病机制和潜在治疗靶点提供了新的线索，但仍需进一步验证。

要点 • 本研究揭示了克罗恩病和银屑病之间的共有基因特征和功能通路 • 通过整合生物信息学方法，三个枢纽基因（CLDN8、APOL1、TCN1）以及IL-17信号通路被验证为克罗恩病和银屑病的潜在诊断或治疗靶点

目的

克罗恩病（CD）和银屑病都是慢性炎症性疾病。然而，其确切的分子相互作用机制尚未完全阐明。本研究旨在识别这两种疾病共有的分子标记和功能通路，并探讨它们与免疫浸润之间的关联。

方法

我们分析了基因表达组（GEO）数据库中的微阵列数据集（GSE30999、GSE186582），以识别差异表达基因（DEGs）。通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）构建共表达模块，随后进行GO和KEGG富集分析。利用支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）方法筛选出枢纽基因，并在独立数据集（GSE14905、GSE112366）中验证这些基因。免疫浸润情况通过CIBERSORT方法进行评估。

结果

我们在克罗恩病中发现了1540个差异表达基因，在银屑病中发现了1157个差异表达基因，其中有234个基因在IL-17信号通路（KEGG）和分泌颗粒/细胞质囊泡腔（GO-CC）中富集；这些细胞结构对于IL-17信号通路下游促炎细胞因子的产生和释放至关重要。SVM-RFE筛选出三个枢纽基因（CLDN8、APOL1、TCN1），并在独立数据集中得到了验证。在克罗恩病中，APOL1/TCN1与中性粒细胞呈正相关，与M2巨噬细胞呈负相关；而在银屑病中，APOL1/TCN1与活化CD4记忆T细胞呈正相关，与静息肥大细胞呈负相关，CLDN8的情况则相反。

结论

本研究阐明了克罗恩病和银屑病之间的共有表达标记和功能通路。这些发现为共病机制和潜在治疗靶点提供了新的线索，但仍需进一步验证。

要点 • 本研究揭示了克罗恩病和银屑病之间的共有基因特征和功能通路 • 通过整合生物信息学方法，三个枢纽基因（CLDN8、APOL1、TCN1）以及IL-17信号通路被验证为克罗恩病和银屑病的潜在诊断或治疗靶点