基于凋亡相关基因S100A9/S100A8/BCL2A1的MODS关键机制与靶向治疗新策略
《European Journal of Medical Research》:Identification and validation of key genes related to apoptosis in multiple organ dysfunction syndrome
【字体:
大
中
小
】
时间:2025年11月09日
来源:European Journal of Medical Research 3.4
编辑推荐:
本研究针对多器官功能障碍综合征(MODS)发病机制中细胞凋亡的核心作用,通过整合公共数据库数据与机器学习算法,筛选出S100A9、S100A8和BCL2A1三个关键凋亡相关基因。研究发现这些基因在MODS患者中显著高表达,共同参与氧化磷酸化和T细胞受体信号通路调控,并构建了具有优异预测性能的列线图模型。该研究为MODS的早期诊断提供了新型生物标志物,并为靶向凋亡通路治疗MODS提供了理论依据。
多器官功能障碍综合征(MODS)是重症感染、创伤等急症引发的临床综合征,表现为两个及以上器官功能衰竭,死亡率高达50%-70%。尽管生命支持技术不断进步,MODS仍因发病机制复杂而缺乏有效防治手段。细胞凋亡作为程序性细胞死亡方式,在MODS病理过程中扮演着"双刃剑"角色——适度凋亡可清除损伤细胞,但过度凋亡会加剧炎症反应,导致器官功能恶化。然而,凋亡相关基因(ARGs)在MODS中的具体表达模式和调控机制尚不明确。
为解决这一科学问题,张健等研究人员在《European Journal of Medical Research》发表研究,通过整合GEO数据库中GSE66099、GSE26440和GSE144406三个MODS相关数据集,结合机器学习算法和临床样本验证,系统筛选MODS的关键凋亡相关基因。研究团队首先通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得候选基因,再利用LASSO、SVM-RFE和Boruta三种机器学习算法交叉验证,最终确定S100A9、S100A8和BCL2A1为关键基因。
关键技术方法包括:1)利用GEO数据库获取MODS患者全血转录组数据;2)采用WGCNA构建基因共表达网络;3)应用多种机器学习算法进行特征基因筛选;4)通过列线图模型构建和决策曲线分析评估临床预测价值;5)使用RT-qPCR技术验证关键基因表达。
研究首先从GSE66099数据集(199例MODS样本vs 47例对照)中鉴定出1,774个差异表达基因(DEGs),其中704个上调,1,070个下调。WGCNA分析显示蓝色模块与MODS相关性最强(|cor|=0.72),包含326个基因。与802个凋亡相关基因取交集后,获得18个候选基因。
GO富集分析显示候选基因主要参与"分泌颗粒腔隙""凋亡信号通路调控""炎症反应调控"等生物学过程。KEGG通路分析揭示这些基因显著富集于IL-17信号通路、NF-κB信号通路和MAPK信号通路等16条通路。
通过蛋白互作网络(PPI)和三种机器学习算法交叉验证,最终确定S100A9、S100A8和BCL2A1为关键基因。这三个基因在训练集、验证集1(GSE26440)和验证集2(GSE144406)中均呈现显著高表达(p<0.05)。
基于关键基因构建的列线图显示优异预测性能,AUC值达0.992。决策曲线分析(DCA)和校准曲线均证实模型具有良好临床适用性。
基因集富集分析(GSEA)显示三个关键基因共同参与"氧化磷酸化"和"T细胞受体信号通路"。免疫浸润分析发现MODS患者中性粒细胞、M0巨噬细胞浸润增加,而CD8+ T细胞、初始B细胞等显著减少。
SUMO化修饰分析预测S100A8和S100A9分别具有2个和4个SUMO化位点。转录因子调控网络显示BCL2A1、S100A8和S100A9分别受Gcnf、Rela和E47等转录因子调控。此外,研究还构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,发现hsa-let-7d-5p/XIST等分子可能参与基因表达调控。
通过比较毒物基因组学数据库(CTD)分析发现关键基因与"记忆障碍""学习障碍"等神经系统疾病相关。药物预测筛选出姜黄素(curcumin)、阿巴西普等潜在治疗药物,分子对接显示这些药物与关键基因编码蛋白具有良好结合亲和力。
通过收集5例MODS患者和5例正常对照的外周血样本,RT-qPCR验证显示S100A9、S100A8和BCL2A1在MODS组中表达显著上调(p<0.05),与生物信息学分析结果一致。
本研究首次系统鉴定了S100A9、S100A8和BCL2A1作为MODS凋亡相关关键基因,揭示了它们通过调控氧化磷酸化和T细胞受体信号通路参与MODS发病的新机制。所构建的列线图模型为MODS早期诊断提供了实用工具,而姜黄素等潜在药物的预测为靶向治疗提供了新方向。该研究不仅深化了对MODS发病机制的理解,也为临床诊断和治疗策略开发提供了重要理论依据和实验基础。
生物通微信公众号
生物通新浪微博
今日动态 |
人才市场 |
新技术专栏 |
中国科学人 |
云展台 |
BioHot |
云讲堂直播 |
会展中心 |
特价专栏 |
技术快讯 |
免费试用
版权所有 生物通
Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved
联系信箱:
粤ICP备09063491号