镍与c-Src SH3结构域的结合促进了其结晶过程

《Recent Advances in Anti-Infective Drug Discovery》：Nickel Binding to the c-Src SH3 Domain Facilitates Crystallization

研究获得了c-Src SH3结构域三方晶系H32空间群的高分辨率（1.45?）晶体结构，揭示镍离子通过N端结构域及表面组氨酸与两个SH3域单体形成2:2配位二聚体。该结构为金属介导结晶和蛋白金属结合机制研究提供了新范式。

　　

摘要

引言：大量关于c-Src SH3结构域的X射线晶体结构数据为这一重要信号传导结构域提供了丰富的原子级信息。已报道多种晶体形式，这些晶体具有不同的晶格排列和结晶条件。

材料与方法：我们在含有NiCl₂的结晶缓冲液中成功结晶出了c-Src SH3结构域。

结果：我们确定了Src SH3结构域在三角空间群H32中的独特晶体结构，其分辨率达到1.45 ?。晶体堆积分析和异常散射结果表明，这种晶体形式是由结晶缓冲液中的镍离子有序排列形成的。镍离子与蛋白质的配位比例为2:2，这种配位作用使得两个SH3结构域单体通过一个伪二重旋转轴形成二聚体，其中涉及天然的N端c-Src SH3氨基酸序列、一个暴露在表面的组氨酸残基以及有序排列的水分子。

讨论：本研究展示了金属离子在蛋白质结晶过程中的作用以及N端氨基酸残基与金属的结合机制，这与氨基末端铜镍结合（ATCUN）基序有所不同。

结论：这些新的研究方法为未来基于晶体学的方法研究c-Src SH3结构域提供了新的途径。

关键词： SH3结构域、c-Src酪氨酸激酶、镍离子配位、晶体结构、异常散射、二聚化。