利用全基因组测序技术揭示了眼斑鳐（Okamejei kenojei）的种内基因组大小变异

《Biology Bulletin》：Intraspecific Genome Size Variation of the Ocellate Spot Skate Okamejei kenojei Revealed Using Whole Genome Survey Sequencing

本研究对西北太平洋舟山海域采集的灰鲭鲨个体进行全基因组重测序，估算其基因组大小为3081.23 Mb，异质性0.78%，重复序列占比68.12%。结果显示该物种基因组大小较先前研究高约0.37-1 Gb，推测由重复序列扩张引起，为探讨软骨鱼类基因组多样性提供了新证据。

　　

摘要

种内基因组大小的变化在生物进化和群体遗传学中具有重要意义。然而，这种模式在海洋软骨鱼类中很少被报道。鳐鱼Okamejei kenojei是一种广泛分布于西北太平洋的经济鱼类。在这项研究中，我们获得了从中国舟山沿海水域采集的O. kenojei个体的全基因组重测序数据。其基因组大小估计为3081.23 Mb，杂合度为0.78%，重复序列比例为68.12%。本研究估计的基因组大小比以往的研究结果大约0.37到1 Gb，表明该物种存在显著的种内基因组大小变异。重复序列的比例与基因组大小基本一致。当排除重复序列后，修正后的基因组大小相当（约为1 Gb）。因此，我们认为O. kenojei的基因组大小变异可能是由于重复序列的扩增所致。我们的研究结果为O. kenojei的种内基因组大小变异提供了实证依据，这有助于进一步研究该物种的基因组进化及其系统发育关系。