通过蓝色和白色菌落检测法研究基因修饰核酸酶的靶向效应和非靶向效应

《Biotechnology Letters》：Coloring target and off-target effects of genetically modified nucleases by blue & white colony assays

基因编辑核酸酶的非靶向效应评估新方法基于β-半乳糖苷酶α互补显色体系，通过大肠杆菌菌落颜色变化实现CRISPR/Cas9靶向和离靶效应的定性与定量分析，灵敏度可检测gRNA与靶标1-2碱基错配及PAM位点1错配的非靶向编辑。

　　

摘要

更敏感地评估基因编辑核酸酶的脱靶效应对于人类基因治疗至关重要。在这里，我们报告了基于CRISPR/Cas9测试系统设计的显色测定方法，用于精确评估基因编辑活性。通过观察大肠杆菌菌落的颜色变化，可以很好地对CRISPR/Cas9的靶标效应和脱靶效应进行定性和定量分析。除了靶标效应分析外，这些新方法还提供了一种极其敏感且高效的工具，用于检测靶标与gRNA之间存在一个或多个碱基错配的脱靶效应。此外，这些方法还能够识别PAM位点发生一个碱基错配的脱靶基因编辑效应。