贾坎德邦流行的麻疹病毒的遗传特征分析

《Indian Journal of Medical Microbiology》：Genetic characterization of Measles virus circulating in Jharkhand

麻疹病毒在贾尔汉达邦的分子监测显示，113/788样本RT-PCR阳性，测序发现全部为D8基因型，无疫苗株，5岁以下儿童感染率最高。

　　

阿帕尔娜·阿帕拉吉塔（Aparna Aparajita）| 阿肖克·库马尔·夏尔马（Ashok Kumar Sharma）| 尼凯什·辛哈（Nikesh Sinha）| 库玛丽·西玛（Kumari Seema）| 阿巴伊·库马尔（Abhay Kumar）| 曼朱·博伊派（Manju Boipai）| 曼诺吉·库马尔（Manoj Kumar）

贾坎德邦兰奇市拉金德拉医学科学研究所（Rajendra Institute of Medical Sciences）微生物学系

摘要

背景

麻疹病毒（MeV）的传播途径可以通过基于病毒核衣壳基因N-450区域的分子监测来确定。对MeV的遗传特征进行分析可以识别特定地区的流行基因型，并了解疫苗对这些基因型的有效性。

目的

印度是一个幅员辽阔的国家，来自所有地区的麻疹病毒分子监测数据有助于评估麻疹消除计划中的疫苗接种覆盖率。本研究的目的是对贾坎德邦流行的麻疹病毒进行遗传特征分析，并评估疫苗接种活动的效果。

研究设计

采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术检测用于分子检测的样本中的MeV RNA。对阳性RT-PCR产物进行测序，进行系统发育分析，并将结果提交至MeaNS2（Measles Nucleotide Surveillance2）数据库。

结果

在788个病例中，有113个样本通过RT-PCR检测呈阳性，并对这些样本进行了测序。其中82个样本的测序结果可用于系统发育分析。所有序列均属于D8基因型的MANCHES.UNK94分支。在D8基因型内鉴定出13个不同的序列标识符（DSId）。绝大多数病例为5岁以下儿童。未发现任何疫苗株。

结论

基于病毒检测和基因分型的分子监测数据帮助确定了贾坎德邦流行的麻疹病毒基因型为D8基因型。许多不同的序列标识符表明当前D8基因型属于可通过现有疫苗控制的谱系。需要通过加强疫苗接种覆盖率来解决免疫空白问题。

引言

麻疹是一种重新出现的全球性威胁。尽管可以通过疫苗预防，但在未接种疫苗或营养不良的儿童患者中，由于严重的并发症（如支气管肺炎、神经系统损伤或胃肠炎），发病率和死亡率仍然令人担忧，这些并发症有时可能是致命的[1]，[2]。

最近，包括世界卫生组织（WHO）东南亚区域（SEAR）在内的多个地区报告了麻疹疫情爆发，而这些疫情的主要因素是个体的疫苗接种状况[1]，[3]，[4]，[5]。

由于印度各州的疫苗接种覆盖率参差不齐，麻疹仍然是一个重要的公共卫生问题[6]。至少95%的疫苗接种覆盖率可以防止麻疹爆发，这可以通过接种两剂疫苗实现[7]。麻疹是由麻疹病毒（MeV）引起的一种高度传染性疾病，该病毒属于副黏病毒科（Paramyxoviridae）中的麻疹病毒属（Morbillivirus）。MeV的基因组相对稳定，尽管插入或删除现象并不罕见[8。

根据这些变化，通过血凝素基因和核衣壳基因的测序，根据N末端450（N-450）区域的核苷酸序列，将MeV分为24个基因型和8个主要分支（A-H），这些序列可用于追踪病毒的传播途径[10]，[11]，[12]，[9]。

分子流行病学是研究全球不同病毒株之间的遗传多样性和分子关系以及它们在各种地理区域的传播情况的不可或缺的工具[13。

已有超过59,000条来自N450区域的序列被提交，并被赋予“WHO名称”，并纳入麻疹核苷酸监测（MeaNS）数据库[10]，[14]。上传到MeaNS数据库的新序列会被赋予一个独特的序列标识符（DSId）。为了评估麻疹病例的输入情况，相似的核苷酸序列会被赋予相同的DSId，这些病例可能来自不同的国家[15]。无论是散发病例还是流行病例，实验室监测都可以验证流行的病毒株并帮助鉴定野生型MeV[16]，[17]，[18]，[6]。鉴于此，世界卫生组织和印度医学研究委员会（ICMR）制定了相关协议，确保病毒研究和诊断实验室（VRDL）对样本进行高质量检测[19。

印度是一个幅员辽阔的国家，目前只有少数几个州提供分子监测数据。了解每个州的遗传多样性和疫苗接种覆盖率需要这些数据[6

材料与方法

本研究于2022年1月至12月在VRDL实验室进行，得到了机构伦理委员会的批准。样本由发热皮疹监测团队提供，这些病例表现为发热和斑丘疹。血清样本在皮疹出现后的28天内采集，用于血清学检测；病毒学或分子学样本（包括咽拭子和尿液）在皮疹出现后的7天内采集，用于病毒学或分子学检测。

结果

实验室共收到788例病例的788个样本进行MeV RNA检测。其中247个样本为咽拭子，用于分子学检测；541个病例同时提供了血清和咽拭子，用于血清学和分子学检测。在541个样本中，只有117个血清样本通过ELISA检测显示出IgM抗体阳性。所有788个分子样本均进行了RT-PCR检测，其中113个（14.3%）样本RT-PCR结果呈阳性。

讨论

本研究首次通过遗传特征分析，确定了2022年贾坎德邦临床疑似麻疹病例中流行的麻疹病毒基因型，提供了该地区的基本分子数据，因为印度正在努力消除这一疾病。

贾坎德邦东邻西孟加拉邦，西接恰蒂斯加尔邦，西北接北方邦，北邻比哈尔邦，南接奥里萨邦。

结论

本研究揭示了贾坎德邦流行的麻疹病毒的遗传特征，发现D8基因型存在多样性。未发现任何疫苗株。大多数病例为5岁以下儿童。通过密切监测不同地区的病毒株及其旅行史和疫苗接种状况，可以更好地解读流行病学分子数据。需要进一步努力提高疫苗接种覆盖率，以实现这一目标。

作者贡献声明

库玛丽·西玛（Kumari Seema）：撰写、审稿与编辑、验证、数据分析、概念构思。阿巴伊·库马尔（Abhay Kumar）：撰写、审稿与编辑、验证、数据分析、概念构思。曼朱·博伊派（Manju Boipai）：撰写、审稿与编辑、验证、数据分析。曼诺吉·库马尔（Manoj Kumar）：撰写、审稿与编辑、验证、监督、数据分析。阿帕尔娜·阿帕拉吉塔（Aparna Aparajita）：撰写初稿、方法设计、调查、数据管理。阿肖克·库马尔·夏尔马（Ashok Kumar Sharma）：撰写、审稿与编辑、验证。

利益冲突

无。

伦理批准书及日期

批准书编号：09，日期：2025年3月1日

资金支持

无

利益冲突声明

作者声明没有已知的财务利益或个人关系可能影响本文的研究结果

致谢

我们感谢世界卫生组织东南亚区域办事处（WHO-SEARO）、世界卫生组织印度办事处（WHO-India）、印度医学研究委员会总部（DHR ICMR HQ）、亚特兰大的疾病控制与预防中心（CDC）以及孟买的国立病毒学研究所（National Institute of Virology）的支持。