胆道闭锁中与氧化应激相关基因的鉴定与验证

《Pediatric Surgery International》：Identification and validation of oxidative stress-related genes in biliary atresia

本研究通过GEO数据库获取胆道闭锁（BA）数据集，结合GeneCards氧化应激相关基因，筛选出CCL2、CXCL8等6个核心基因，验证其在患者及鼠模型中高表达，并通过多工具预测调控因子、miRNA及药物（如simvastatin），为BA治疗提供新靶点。

　　

摘要

目的

越来越多的证据表明氧化应激在胆道闭锁（BA）的发病机制中起着重要作用。本研究旨在识别BA中与氧化应激相关的关键生物标志物，并探索其治疗潜力。

方法

BA相关的数据集来自GEO数据库。使用GSE46960数据集识别差异表达基因（DEGs）。将这些DEGs与GeneCards中的氧化应激相关基因进行交集运算，以获得与氧化应激相关的DEGs（ORDEGs）。进行了功能富集（GO、KEGG）和基因集富集分析。通过机器学习和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析确定了枢纽基因。通过qRT-PCR在BA患者肝样本和恒河猴轮状病毒（RRV）诱导的小鼠模型中验证了这些基因的表达。使用TRRUST、TarBase和DSigDB分别预测了潜在的转录因子（TFs）、微RNA以及针对枢纽ORDEGs的药物。

结果

最终确定了六个枢纽ORDEGs（CCL2、CXCL8、SPP1、EDN1、TGFB3和F3）。这些基因的mRNA水平在BA患者和小鼠中均显著上调。共鉴定出52个转录因子和13个微RNA。在预测的药物中，辛伐他汀可能具有治疗潜力。

结论

本研究确定了六个关键的ORDEGs（CCL2、CXCL8、SPP1、EDN1、TGFB3和F3），它们是BA的重要致病因素和潜在的治疗靶点。