嗜盐甲基营养细菌群落系统发育多样性的分子分析

《Microbiology》：Molecular Analysis of Phylogenetic Diversity of Halophilic Methylotrophic Bacterial Communities

本研究通过16S rRNA基因测序分析四个实验室培养的嗜盐甲基营养菌群落（3Sol、GBL、SBL、8sh_L），发现Methylophagaceae和Methylophaga属占主导，伴随Halomonadaceae、Vreelandella和Halomonas属，未培养菌可能与异养菌代谢关联，并成功分离Vreelandella titanicae与Methylophaga marina VKM B-2056的共生体系。

　　

摘要

本研究采用16S rRNA基因宏条形码技术，分析了在实验室条件下长期周期性培养（使用含有甲醇的矿物培养基）从杜尼诺盐湖（奥伦堡州）、大梅德韦日耶盐湖（库尔干州）和小梅德韦日耶盐湖（奥伦堡州）以及印度洋采集的水样中形成的四个稳定嗜盐甲基营养细菌群落（3Sol、GBL、SBL、8sh_L）的组成。通过生物信息学分析，获得了35,892条测序数据，并将其归类为105个扩增序列变异体（ASVs）。结果表明，在所有四个嗜盐甲基营养细菌群落中，属于Methylophagaceae科的Methylophaga属细菌占主导地位；而在相关的嗜盐异养微生物中，则以Halomonadaceae科的Vreelandella属和Halomonas属细菌为主。这些群落中的甲基营养菌株主要为无法培养的细菌，可能与其异养微生物存在代谢上的关联。其中，Vreelandella titanicae菌株是从3Sol甲基营养细菌群落中分离出来的，并与甲基营养菌Methylophaga marina VKM B-2056^T进行了人工共生实验。