在接种疫苗和感染条件下，金叙利亚仓鼠中用于RT-qPCR的稳定参考基因的鉴定

《Molecular Biology》：Identification of Stable Reference Genes for RT-qPCR in Golden Syrian Hamster under Vaccination and Infection Conditions

本研究利用R包RefSeeker分析叙利亚金地鼠肾、肝、肺样本中稳定表达的参考基因，发现不同实验条件下（如铝佐剂疫苗、沙门氏菌疫苗及Leptospira感染）最优基因为ppib、rps29和ppia，通过ifn-γ基因验证，证实实验条件显著影响基因表达稳定性，强调需根据具体情况选择参考基因。

　　

摘要

实时定量PCR（RT-qPCR）是一种广泛用于分析细胞反应的方法。然而，可靠的结果依赖于合适参考基因的选择，而在使用仓鼠作为动物模型的研究中，相关数据较为匮乏。在这项研究中，我们使用了R包RefSeeker（该包整合了NormFinder、geNorm、BestKeeper、delta-Ct和RefFinder算法），以识别金叙利亚仓鼠肾脏、肝脏和肺样本中表达最稳定的候选参考基因。实验对象分别接受了氢氧化铝佐剂、钩端螺旋体菌苗、疫苗载体（牛分枝杆菌 BCG和减毒的沙门氏菌 Typhimurium）的接种，或钩端螺旋体的感染。在整体分析（包括所有样本和实验条件）以及氢氧化铝接种、沙门氏菌 Typhimurium接种和对照组（PBS）条件下，表达最稳定的基因是ppib。在菌苗和牛分枝杆菌 BCG接种条件下，rps29是最合适的参考基因；而在感染期间，ppia表现出最高的稳定性。这些发现通过以ifn-γ基因为靶标，并在BCG接种条件下评估其表达水平进行了验证。我们的结果表明，样本类型和实验条件显著影响内源性基因的表达。因此，不建议使用通用参考基因，而应针对每个实验仔细选择合适的参考基因。本研究为使用仓鼠的临床前模型中基因表达的准确标准化提供了一个经过验证的框架。