与猪繁殖障碍相关的猪圆环病毒1型的分离及全基因组分析：印度的首项相关研究

《Archives of Microbiology》：Isolation and complete genome analysis of porcine circovirus-1 associated with reproductive failurein swine: foremost study in India

本研究检测了印度南部四个邦的100份猪生殖失败组织样本，发现PCV1阳性率12%，其中5例与PCV2共感染。通过全基因组测序（Illumina NovaSeq 6000）鉴定两个PCV1毒株（K44ABT和L11ABT），分析发现 capsid 蛋白RBD区域Ala102Val突变及B细胞表位Q170K和E233K变异，提示PCV1可能增强宿主适应性和致病性。

　　

摘要

本研究调查了来自泰米尔纳德邦、喀拉拉邦、安得拉邦和卡纳塔克邦的100份猪组织样本，这些样本来自死产、死亡或流产的胎儿，且这些胎儿有生殖系统感染的历史。所有样本均使用特定的PCR检测方法进行了PCV1、PCV2、PCV3、CSFV、PPV、PRRSV和布鲁氏菌属的基因组检测。在检测的100份样本中，PCV1的分子阳性率为12%，PCV2为11%，PCV3为2%，CSFV为6%，PPV为9%，布鲁氏菌为5%。在12份PCV1阳性的样本中，有4份仅携带PCV1基因组，5份同时感染了PCV2，2份感染了PPV，1份感染了CSFV。本研究中未发现PCV1与PCV3、PRRSV或布鲁氏菌的共感染现象。4份确认无其他共感染的PCV1阳性样本在无PCV1的PK-15细胞中进行了培养，并进行了五次连续的盲传实验。其中两份分离株的PCV1存在通过PCR得到验证，随后使用Illumina NovaSeq 6000平台进行了全基因组测序。两个PCV1分离株（K44ABT和L11ABT）的完整基因组序列共包含1759个碱基对，G+C含量为48%，分别被提交至GenBank，登录号为PQ303661和PQ303662。ORF1和ORF2区域分别编码复制酶（312个氨基酸）和衣壳蛋白（233个氨基酸）。BLAST分析和基因组相似性分析显示其与已发表的PCV1菌株具有>99%的同一性，系统发育分析表明它们与来自印度、美国和中国的菌株属于同一谱系。Rep蛋白的分析显示，两个PCV1分离株中的序列高度保守，但在衣壳蛋白的受体结合域（RBD）第102位点上发生了丙氨酸替换为缬氨酸的突变。这种改变的RBD与致病性PCV2和PCV4的RBD具有同源性，表明其可能具有更广泛的细胞结合能力，类似于致病性环状病毒的特性。此外，对衣壳蛋白中的三个关键B细胞表位85GGTNPLP91、162FTPKPELDQTIDWFHPNNK180和219YVQFREFILKDPLNE233的分析显示，在第170位和第233位点分别发生了Q替换为K和E替换为K的变异。本研究首次完成了与印度南部家猪生殖失败相关的PCV1的完整基因组分析，为其分子特性提供了重要见解。观察到的遗传变异，尤其是在衣壳蛋白中的变异，表明PCV1可能正在朝着增强对宿主的适应性和致病性方向发展。