MSH2大片段缺失在巴基斯坦结直肠癌患者中的贡献及复发性5'上游缺失的发现

《Hereditary Cancer in Clinical Practice》：Contribution of MLH1, MSH2, and MSH6 large genomic rearrangements to Pakistani colorectal cancer patients

本研究针对巴基斯坦结直肠癌(CRC)患者中错配修复(MMR)基因大片段缺失(LGRs)的研究空白，通过MLPA技术对199例患者进行筛查，发现MSH2基因LGRs在HNPCC/疑似-HNPCC组中占11.1%，在非HNPCC组中占3.3%，其中复发性5'上游缺失可能是旁遮普人群的特异性创始人变异，为巴基斯坦林奇综合征的基因诊断和精准防控提供了重要依据。

　　

在全球范围内，结直肠癌(CRC)是威胁人类健康的重大疾病，每年新增病例约190万，死亡病例超过90万。在巴基斯坦，CRC发病率位居第四，给本已脆弱的医疗系统带来了沉重负担。虽然大多数CRC病例是散发性的，但约5-10%具有遗传性，其中林奇综合征(LS)是最常见的遗传性结直肠癌综合征，由MLH1、MSH2、MSH6、PMS2等错配修复(MMR)基因的胚系致病性变异(PVs)引起。

在巴基斯坦，此前的研究发现MLH1和MSH2基因的小范围PVs在遗传性非息肉病性结直肠癌(HNPCC)/疑似-HNPCC患者中占34.5%。然而，由于检测技术的限制，MMR基因大片段缺失(LGRs)在这一人群中的贡献度仍然未知。这类缺失可能导致蛋白功能完全丧失，但常规的PCR(聚合酶链反应)方法难以检测。因此，全面评估LGRs在巴基斯坦CRC患者，尤其是那些符合遗传性癌症标准但小范围检测阴性的患者中的发生率，对于完善遗传咨询、风险评估和家族预防策略至关重要。

为了解决这一知识空白，由Muhammad Usman Rashid领导的团队在《Hereditary Cancer in Clinical Practice》上发表了他们的研究成果。他们对199名既往MMR基因小范围PVs检测阴性的巴基斯坦CRC患者进行了深入研究，旨在系统评估MLH1、MSH2、MSH6及EPCAM基因3‘端LGRs的流行情况和分子特征。

研究人员采用多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术对目标基因的LGRs进行了全面筛查。该技术能有效检测大片段缺失或重复。研究队列包括18例HNPCC/疑似-HNPCC患者和181例非HNPCC患者，这些患者均来自巴基斯坦拉合尔的Shaukat Khanum纪念癌症医院和研究中心(SKMCH&RC)。对于MLPA检测到的缺失，研究团队进一步利用长距离PCR和Sanger测序来精确确定其基因组断点，并分析其形成的可能分子机制，例如是否由重复序列（如Alu元件）介导的同源重组引起。

患者特征

研究共纳入199名无关的巴基斯坦CRC指数患者。患者诊断中位年龄较早，男性居多（137 vs 61），且以旁遮普族和普什图族为主。HNPCC/疑似-HNPCC组患者的肿瘤更常位于近端结肠。

MSH2大片段缺失的频率

分析结果显示，在4.0%（8/199）的患者中检测到LGRs，且全部集中于MSH2基因。在HNPCC/疑似-HNPCC组中，检出率为11.1%（2/18）；在非HNPCC组中，检出率为3.3%（6/181）。未在MLH1、MSH6或EPCAM基因的3‘端发现LGRs。

MSH2缺失的鉴定与特征

研究共鉴定出五种不同的MSH2缺失，并对其中的三种进行了断点精细定位：

1. 1.
   复发性MSH2 5‘上游缺失：在四名无关的旁遮普族患者中发现。断点分析揭示了一个3,308 bp的缺失，其断裂点位于AluSp重复序列内，提示不等交换同源重组是其形成机制。
   
2. 2.
   MSH2外显子1-3缺失：在一名非HNPCC患者中发现，缺失跨度9,855 bp，断点分析同样支持Alu介导的不等交换重组机制。
3. 3.
   MSH2外显子1-6缺失：在一名有癌症家族史的非HNPCC患者中发现，缺失约19.5 kb，但断点未成功定位。
4. 4.
   MSH2外显子7缺失：在一名普什图族非HNPCC患者中发现，缺失约3 kb，断点未定位。
5. 5.
   MSH2外显子11缺失：在一名有显著家族史的HNPCC/疑似-HNPCC患者中发现。断点分析显示为一个3,723 bp的缺失，并伴有6 bp的插入。

值得注意的是，87.5%（7/8）携带MSH2 LGRs的患者属于旁遮普族，特别是复发的5‘上游缺失仅在该族群中发现，提示其可能是一个族群特异性的“创始人变异”。

本研究首次在巴基斯坦CRC人群中系统阐述了MMR基因LGRs，特别是MSH2基因LGRs的贡献。研究发现MSH2 LGRs是巴基斯坦CRC，包括部分不符合典型HNPCC标准病例的重要致病因素，总体检出率为4.0%。这一发现弥补了仅依赖小范围变异检测所造成的诊断缺口。

尤为重要的是，鉴定出的复发性MSH2 5‘上游缺失在旁遮普族患者中聚集出现，强烈提示其可能是一个创始人效应变异。这意味着针对巴基斯坦旁遮普人群，可以将该特定缺失纳入针对性的基因检测panel，从而提高检测效率，降低检测成本，并使更多的遗传性癌症风险个体得以识别。

研究的讨论部分也指出了局限性，如单中心研究可能存在的选择偏倚，未能进行肿瘤组织MIS（微卫星不稳定性）或IHC（免疫组化）验证，以及未能对家属进行分离分析等。然而，其结论具有明确的临床转化价值。根据美国国立综合癌症网络(NCCN)指南，MSH2致病性变异携带者需要从更早的年龄开始进行密集的结肠镜筛查，并考虑针对子宫内膜癌等其他LS相关肿瘤的监测。因此，将MSH2 LGRs，尤其是族群高发的特定缺失，纳入巴基斯坦CRC患者的常规基因检测，对于实现林奇综合征的早诊早治、指导家族成员的风险评估和个性化管理具有积极的推动作用，为提升巴基斯坦遗传性结直肠癌的防治水平提供了关键的科学依据。