在鸡的脾脏和皮肤中进行的整合转录组学、蛋白质组学及通路富集分析表明，马立克病病毒（Marek’s disease virus）中保守的疱疹病毒蛋白激酶（herpesvirus protein kinase）具有组织特异性功能

《Postharvest Biology and Technology》：Integrated transcriptomics, proteomics, and pathway enrichment analysis in the spleen and skin of chickens reveal tissue-specific roles for the Marek’s disease virus conserved herpesviru s protein kinase

沙门氏菌活疫苗显著改变感染鸡肠道菌群结构，提高乳酸杆菌和盲肠菌丰度，降低病原菌定植，并维持菌群多样性。研究通过16S rRNA测序和PLS-DA分析，发现疫苗接种组菌群与疫苗组差异显著（p<0.05），关键益生菌如Lactobacillus和Blautia与免疫保护相关，且疫苗诱导的菌群稳定性对减少沙门氏菌传播具有公共卫生意义。

　　该研究探讨了针对沙门氏菌（*Salmonella*）的活疫苗对雏鸡肠道微生物群落的影响，特别是在感染沙门氏菌*Typhimurium*的情况下。这项研究的重要性在于，沙门氏菌是全球范围内引起胃肠道疾病和食物中毒的主要病原体之一，尤其是与家禽相关的感染，如鸡蛋和鸡肉等产品是人类感染的重要来源。因此，开发有效的疫苗对于减少沙门氏菌在养殖环节的传播、保障食品安全和公共卫生具有深远意义。

在实验设计方面，研究采用了特定病原体自由（Specific Pathogen-Free, SPF）雏鸡作为实验对象，这些雏鸡在实验前未感染任何病原体，确保了实验结果的可靠性。实验将40只雏鸡分为疫苗组和对照组，分别接种了针对沙门氏菌*Enteritidis*和*Typhimurium*的活疫苗组合，随后所有雏鸡均被感染沙门氏菌*Typhimurium*。为了评估疫苗对肠道微生物的影响，研究人员在感染后的第7天和第14天收集了每组10只雏鸡的盲肠内容物，并通过16S rRNA测序和生物信息学分析对微生物群落的组成、多样性和功能进行了系统研究。

研究发现，疫苗接种显著改变了肠道微生物的组成。在分类学分析中，1,261种细菌分类群被鉴定出来，其中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）是最主要的门级分类。值得注意的是，疫苗组和对照组的微生物组成存在显著差异，例如疫苗组中乳酸菌属（*Lactobacillus*）和布劳蒂亚属（*Blautia*）的丰度明显增加，而对照组中则以某些潜在致病菌如*Eubacterium coprostanoligenes*为主。这种变化表明，疫苗可能通过促进有益菌的生长，从而改善肠道微生物群落的平衡，抑制沙门氏菌的定植和传播。

在多样性分析中，对照组的微生物丰富度和均匀度显著高于疫苗组。这可能意味着在没有疫苗干预的情况下，沙门氏菌感染对肠道微生物多样性产生了负面影响。然而，疫苗组的多样性变化并未显示出与对照组相同的趋势，这可能与疫苗对微生物群落的调控作用有关。通过主成分分析（PCA）和偏最小二乘判别分析（PLS-DA），研究人员发现疫苗组和对照组在微生物组成上存在显著差异，这些差异可能与疫苗对肠道微生物的调控机制有关。

此外，研究还对微生物功能进行了分析。通过使用FAPROTAX数据库，研究人员发现疫苗组和对照组的微生物功能存在一定的重叠，但某些功能特征在不同组之间有所区别。例如，疫苗组中某些与人类肠道、哺乳动物肠道相关的功能分类群更为丰富，而对照组中则以发酵和化能异养等功能为主。这些功能差异可能反映了疫苗对肠道微生物群落的调控作用，以及这些微生物如何影响宿主的免疫系统和健康状态。

研究还提到，某些有益菌如*Clostridium innocuum*和*Eubacterium coprostanoligenes*在疫苗组和对照组中分别表现出不同的丰度变化。这表明，疫苗可能通过改变这些有益菌的丰度，间接影响宿主对沙门氏菌的抵抗力。此外，研究指出，疫苗可能通过与共生菌的相互作用，促进其作为“内源性佐剂”的功能，从而增强疫苗的保护效果。

在讨论部分，研究强调了肠道微生物群落对宿主健康的重要性，尤其是在应对病原体感染方面。研究表明，沙门氏菌感染可能破坏肠道微生物的多样性，而疫苗接种则有助于恢复和维持这种平衡。这与之前的研究结果一致，即某些益生菌在疫苗接种后会增加其丰度，从而减少病原体的定植和传播。

值得注意的是，研究还提到了微生物多样性变化的潜在解释。一方面，沙门氏菌感染可能导致肠道微生物多样性下降，而另一方面，疫苗接种可能通过促进有益菌的生长，维持较高的多样性水平。因此，微生物多样性不能单独作为判断微生物群落状态的依据，而应结合微生物分类学结果进行综合分析。

综上所述，这项研究为理解疫苗对肠道微生物群落的影响提供了新的视角。它不仅揭示了疫苗接种如何改变微生物的组成和功能，还强调了在动物生产过程中，合理使用疫苗对于控制病原体传播和提高动物健康水平的重要性。此外，研究还为未来的疫苗开发和肠道微生物调控策略提供了理论依据和实践指导，有助于进一步优化动物健康管理措施，减少食品安全风险。