Melia dubia Cav.的核基因组草图：组装、注释以及用于分子育种和保护的资源

《The Nucleus》：The draft nuclear genome of Melia dubia Cav.: assembly, annotation, and resources for molecular breeding and conservation

对多用途树种Melia dubia进行全基因组测序和注释，获得246.5 Mb的 draft genome，含37014个非冗余蛋白编码基因，识别111256个变异（含95389个SNP），分析表明其与M. azedarach和Khaya senegalensis亲缘关系密切，为分子育种和基因保存提供资源，未来将进行泛基因组分析和CRISPR功能研究。

　　

摘要

Melia dubia Cav. 是一种多用途的树种，主要应用于木材工业。此外，由于其易于繁殖和广泛的适应性，该物种也非常适合用于农林业。考虑到其经济和生态价值，对其开展从头全基因组测序和注释工作对于开发树木育种中的基因组工具至关重要。目前已组装出一个246.5 Mb的基因组草图，覆盖率为35.34倍，并注释了37,014个非冗余的蛋白质编码基因。共鉴定出111,256个基因组变异，其中95,389个为单核苷酸多态性（SNPs）。该基因组包含2597个蛋白质家族。此外，在Melia dubia基因组中还发现了4.8 Mb（占2.33%）的重复序列和690个tRNA分子。系统发育分析表明，Melia dubia与椴树属（M. azedarach）和塞内加尔木麻黄（Khaya senegalensis）在椴树科（Meliaceae）中关系密切。这一基因组资源为分子育种、保护基因组学和性状改良研究提供了便利。未来计划的工作包括进行泛基因组分析以及基于CRISPR的功能研究，以提升Melia dubia在林业和气候适应性生态系统中的遗传应用价值。