印度西孟加拉邦在轮状病毒疫苗接种后时期（2021–2023年）流行的萨波病毒（Sapoviruses）的流行病学及全基因组分析

《Journal of Medical Virology》：Epidemiological and Full Genomic Analysis of the Sapoviruses Circulating During Post Rotavirus Vaccination Period (2021–2023) in West Bengal, India

萨普病毒在西孟加拉邦急性胃肠炎患儿中重新出现，1.8%确诊感染，以36-60月龄为主，症状包括腹泻呕吐脱水。基因组测序显示共3个基因组和7个基因型，GI.1为主要流行型，GIV.1和GI.2次之，存在基因多样性。该研究首次报告印度萨普病毒全基因组序列。

　　

摘要

在针对腹泻疾病的监测中，为了评估轮状病毒疫苗的效果，2021年在印度西孟加拉邦重新发现了沙波病毒（sapovirus）的病例，而此前该地区已十余年未出现过阳性病例。沙波病毒是一类能够感染多种哺乳动物的肠道病毒。因此，本研究旨在了解这些沙波病毒的流行情况、临床特征及其遗传多样性。2021年至2023年间，研究人员从加尔各答两家医院的住院及门诊部收集了1203份5岁以下儿童急性胃肠炎患者的粪便样本，并使用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对这些样本进行了沙波病毒检测。对22份检测呈阳性的样本进行了全基因组测序，以分析其遗传特征。在三年时间里，共有1.8%的急性胃肠炎患儿被实验室确认感染了沙波病毒，其中36至60个月龄组的感染率最高。腹泻、呕吐和脱水是常见的临床症状。沙波病毒感染全年都有发生，但发生率较低。对沙波病毒株的序列分析显示，该地区同时存在三种不同的基因组类型（GI、GII和GIV）以及七种基因型（GI.1、GI.2、GI.5、GII.1、GII.6、GII.8和GIV.1）。其中GI.1是最主要的基因型，其次是GIV.1和GI.2。系统发育分析和氨基酸分析表明，与GIV.1和GI.2相比，GI.1基因型之间的遗传多样性较低。两种不同基因组类型（GII.6和GIV.1）的共感染以及多种沙波病毒基因型的共存表明该地区的流行病学情况较为复杂，这可能影响了这些病毒的进化。此外，这是首次从印度获得沙波病毒的全基因组序列报告。

利益冲突

作者声明不存在任何利益冲突。所有作者均表示没有可能影响本文研究结果的竞争性财务利益或个人关系。

数据可用性声明

支持本研究结果的数据可向通讯作者索取。本研究中分析的所有序列均已提交至公开可访问的基因库——Genbank（NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/）。