一种用于葫芦的新10 K液体SNP基因分型阵列及其在杂种优势利用和品种鉴定中的应用

《Journal of Insect Physiology》：A new 10 K liquid SNP genotyping array for wax gourd and its application in heterosis utilization and cultivars identification

基于GBTS技术开发的高密度SNP芯片用于南瓜遗传分析，涵盖12条染色体及278个功能位点。遗传距离计算显示单果重杂种优势（MPH）与遗传距离正相关，56个商业品种经多组学分析分为黑皮（I）和绿皮（II）两大类，后者遗传多样性更高，并筛选60个SNP构建指纹。

　　

丹刘|谢玲玲|雷玉婷|田炳川|廖道龙|吴芳芳|米宝斌

中国湖南省农业科学院湖南蔬菜研究所，长沙410125

摘要

高通量单核苷酸多态性（SNP）阵列已成为一种重要的基因分型工具，能够显著加快育种进程并推动基础研究的发展。在本研究中，我们基于靶向测序（GBTS）技术开发了一种用于葫芦属植物的高通量10 K SNP基因分型阵列，该阵列包含10,722个SNP，这些SNP均匀分布在12条染色体上，其中包括278个与重要经济性状相关的功能位点。为了展示其应用价值，我们利用SNP数据计算了19个优良自交系的遗传距离，并分析了它们与单果重异质性的关系。结果表明，遗传距离越大，单果重的中间亲本异质性（MPH）也越高。此外，我们还选取了来自8个地区的56个商业葫芦品种进行了基因分型。群体结构分析、系统发育分析和主成分分析（PCA）共同表明，这些品种可以分为两大类：第一组为黑色或深绿色皮质的葫芦品种，其遗传多样性低于第二组（绿色或浅绿色皮质的品种），这反映了第一组内部的遗传距离较近。最后，我们选择了60个多态性SNP来构建用于区分这56个葫芦品种的遗传指纹图谱。作为首个用于葫芦属植物的高通量基因分型平台，该SNP阵列为遗传分析提供了一种高效且强大的工具。