通过对Clavibacter属细菌通过Sec-和Tat途径分泌的蛋白质进行计算机模拟分析，揭示了与其植物宿主范围相关的功能多样性

《Genetics in Medicine Open》：In silico analysis of secreted proteins via Sec- and Tat-pathways of Clavibacter spp. unravels functional diversity related to plant host range

Clavibacter属植物病原菌和非病原菌的系统发育及功能基因组学分析揭示其宿主适应机制，通过结构基因组比较发现物种分化特征，结合分泌蛋白（Sec/Tat途径）和代谢簇预测，发现扩展区域变异与水平基因转移相关，代谢多样性可能影响植物-病原菌互作，农业实践影响其进化历史。

　　

Víctor Adrián Hernández-Aranda | Ramón Jarquin-Gálvez | Gisela Aguilar-Benítez | Delia Xochil Vega-Manríquez | Moisés Roberto Vallejo-Pérez | Martín Escoto-Rodríguez | Robert Winkler | Jose Pablo Lara-Avila

墨西哥圣路易斯波托西自治大学农学与兽医学院，邮编363582，Soledad de Graciano Sánchez，SLP

Clavibacter属包含能够感染植物的病原菌和非病原菌物种。我们采用结构分析和功能分析方法进行比较基因组学研究，以揭示Clavibacter对植物宿主的适应机制。结构分析包括系统发育分析和全基因组比对。系统发育研究表明，Clavibacter tessallarius、Clavibacter zhangzhiyongii、Clavibacter capcisi和Clavibacter phaseoli属于分化程度较高的物种。值得注意的是，Clavibacter nebraskensis、Clavibacter insidiosus、Clavibacter sepedonicus、Clavibacter sp. A6099、Clavibacter californiensis和Clavibacter michiganensis形成了一个较新的单系群。研究还发现了基因组的共线性程度和重组现象。功能分析基于Sec-和Tat途径分泌蛋白的预测与注释，以及代谢物生物合成潜力的预测。在Sec-和Tat途径分泌蛋白的研究中，我们重点关注了碳水化合物活性酶（CAZymes）和扩展蛋白（expansins）。分泌蛋白的组成与Clavibacter的分类学特征相关；预测的扩展蛋白具有结构域多样性，这可能与水平基因转移有关。观察到不同Clavibacter物种的生物合成基因簇（BGCs）在分布和保守性上存在差异。我们的研究结果表明，植物宿主的栽培方式可能影响了Clavibacter物种的进化历程。此外，Sec-和Tat途径介导的分泌蛋白及其代谢物多样性可能是植物与Clavibacter相互作用的基础。生物学知识为控制由Clavibacter引起的植物病害提供了可持续的策略。