快速靶向基因组分析：危重婴儿的快速基因组测序

《Genetics in Medicine》：Rapid Targeted Analysis of the Genome: Rapid Genomic Sequencing in Critically Ill Infants

新生儿分子诊断快速检测系统研发及临床应用研究。

　　

K.Taylor Wild | Sara L. Reichert | Matthew C. Dulik | Alexandra Heck | Emma C. Bedoukian | Kathleen H. Wood | Katharine P. Callahan | Jennifer A. Hershey | David A. Munson | Kieran B. Pechter | Kelly Regan-Fendt | Anthony M. Gacita | Francis Jeshira Reynoso Santos | Morgan L. McManus | Natalie Burrill | Maria Alejandra Diaz-Miranda | Melissa A. Gilbert | Ian D. Krantz | Ramakrishnan Rajagopalan | Laura K. Conlin | Nancy B. Spinner

美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院费城儿童医院新生儿科

摘要

目的

我们开发了一种基于基因组测序的检测方法（Rapid Targeted Analysis of the Genome for Infants；rTAG-I），旨在缩短检测周期，同时提高诊断效率，并为重症婴儿提供快速测序服务。我们的目标是建立一个预测哪些婴儿会出现分子异常的体系。

方法

我们对接受rTAG-I检测的婴儿进行了前瞻性观察研究，该方法分析了3,183个经过筛选的基因，对这些基因中的致病变异和可能致病变异进行了不依赖于表型的优先排序。根据诊断结果的可能性，我们将婴儿分为“很可能”、“不确定”和“不太可能”三类。我们还评估了检测结果与患者表型之间的关联。

结果

在400名婴儿中，有133名（33%）的婴儿出现了可报告的检测结果。在N/IICU和CICU住院的婴儿中，能够接受快速检测的比例从1%提高到了20%，中位检测周期为4.9天。rTAG-I的检测效果与外显子/基因组测序相当。在“很可能”组中，有59%的婴儿出现了具有临床意义的检测结果；在“不太可能”组中，这一比例为9%。

结论

rTAG-I能够以较快的速度产生大量可报告的检测结果。然而，我们预测哪些婴儿最能从这种检测中受益的能力并不完美，这表明仍需要进行广泛的基因组检测。