《Genetics in Medicine Open》：Empowering canine genomics: design and validation of a high-density SNP array for Indian dogs
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印度犬种基因组特征化研究开发高密度SNP芯片（Axiom_Shwaan），基于48份样本设计，筛选出62,957个SNP标记，验证于186份样本（11个品种/群体），99%高标记成功率，支持遗传多样性分析、品种鉴别及表型关联研究。
拉贾·科兰达努尔·纳奇亚潘（Raja Kolandanoor Nachiappan）、丽娜·阿罗拉（Reena Arora）、拉梅什·库马尔·维杰（Ramesh Kumar Vijh）、乌帕斯娜·夏尔马（Upasna Sharma）、米纳尔·拉赫贾（Meenal Raheja）、玛尼莎·夏尔马（Manisha Sharma）、梅哈克·马贡（Mehak Maggon）、索尼卡·阿赫拉瓦特（Sonika Ahlawat）
ICAR-国家动物遗传资源局（ICAR-National Bureau of Animal Genetic Resources），印度哈里亚纳邦卡纳尔（Karnal）132 001
印度拥有约943万只狗，这些狗具有多样的表型和实用价值。通过提高公众意识、开展保护工作以及实施科学合理的繁殖计划，可以显著提升人们对印度独特犬类文化遗产的重视程度并改善它们的生活状况。本研究描述了一种用于印度犬类基因组分析的高密度SNP（单核苷酸多态性）芯片的设计与开发过程。研究人员利用Axiom Array技术，对来自四个不同犬种群体的48个样本进行了配对末端（150 bp）DNA测序，测序深度达到10倍。经过严格筛选和处理后，共鉴定出超过2300万个原始SNP位点，最终有629,597个SNP标记被成功整合到印度犬类基因组芯片（Axiom_Shwaan）上。该芯片的标记间距为3.8 kb，极大地提升了基因组覆盖范围。通过对代表11个犬种/群体的186个样本进行基因分型验证，证明了该芯片的可靠性（SNP鉴定准确率高达99%），充分体现了印度犬群的遗传多样性。主成分分析和系统发育分析将本地犬种划分为不同的群体。这种高密度SNP芯片将为未来在群体遗传学、品种/选育特征研究、特定性状的生物标志物开发以及犬类能力的全基因组数据分析等领域提供有力支持。
